AURAGEN, plateforme de séquençage du génome à très haut débit
Créé en 2019 dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025, AURAGEN traite les prélèvements d’ADN des patients atteints de maladies rares et de cancers rares, grâce au séquençage très haut débit. A la pointe de la technologie et coordonné par un Groupement de Coopération Sanitaire (GCS) regroupant les quatre CHU de la région (HCL, CHUCF, CHUGA, CHUSE) et les deux centres de lutte contre le Cancer (CLB, Centre Jean Perrin), il constitue l’un des deux laboratoires labellisé LBM-FMG au niveau national, accueillant des échantillons provenant de toute la moitié-sud de la France et de l’Outre-mer.
« Près de 8 000 maladies rares ont été répertoriées à l’heure actuelle, dont 80 % ont une origine génétique. Si le diagnostic est maintenant structuré en France grâce aux différentes filières, il demeure parfois compliqué à poser ou préciser. AURAGEN, en étudiant le génome entier de patients, peut permettre de lever l’impasse diagnostique - quand on ne connait pas le gène responsable - et l’errance diagnostique - quand on n’a pas identifié la maladie. », expose le Pr Christine VINCIGUERRA, directrice médicale d’AURAGEN.
Connaître la variation génétique à l’origine de la maladie
Réalisé sur le site de l’hôpital Edouard Herriot, à Lyon, le séquençage des ADN s’effectue grâce à quatre séquenceurs NovaSeq 6000 à très haut-débit. Tournant 6 jours sur 7, par cycles de 44 heures, ces séquenceurs (dont le 4e a été installé mi-février 2022) permettent de lire 30 fois le génome complet - 3 milliards de "paires de bases" qui forment l’ADN - de plus de 150 personnes par semaine, soit une cinquantaine de patients et leurs proches 1.
Après le séquençage, les données de séquence produites sont transmises au centre de Calcul Haute Performance (HPC) AURAGEN, situé sur un site hébergeur de données de santé, qui exécute les pipelines automatiques de calcul et prend en charge l’archivage des données brutes. Basée au CHUGA, l’équipe de bio-informaticiens se charge alors de détecter, parmi les milliards de données récoltées, les variants génomiques pouvant être à l’origine de la pathologie. Après cette analyse bio-informatique, une interprétation médicale est réalisée par un biologiste spécialiste des pathologies concernées. Au bout du processus, le résultat de l’examen est transmis au prescripteur, puis restitué au patient.
« Le séquençage effectué par le laboratoire AURAGEN permet de connaître la variation génétique à l’origine de la maladie dans près de 40 % des cas, actuellement. Nous parvenons alors à arrêter l’errance diagnostique et les questions qu’elle entraîne. La famille peut ensuite bénéficier d’un conseil génétique adapté. Par ailleurs, comprendre les dysfonctionnements d’un gène peut nous aider à les contourner et à trouver un traitement », souligne le Pr Damien SANLAVILLE, généticien et chef du service de génétique aux HCL.
Créer des synergies pour profiter des innovations de pointe
Depuis les débuts du laboratoire, en 2019, près de 1 500 patients atteints de maladies rares ont vu leur génome séquencé. Et les prescriptions, en hausse constante, devraient encore augmenter dans les années qui viennent, grâce en partie au travail de la PEMR AURA qui se charge de faire connaître le travail du LBM-FMG AURAGEN auprès des médecins comme des familles de la région. Transmettre la meilleure information possible aux différents protagonistes, en valorisant toutes les ressources disponibles sur le territoire, afin d’améliorer le parcours de prise en charge du malade est la raison d’être de la plateforme d’expertise.
En créant des synergies, permettant aux patients de pouvoir profiter des innovations de pointe, mais aussi des dernières actions d’éducation thérapeutique, la PEMR AURA joue ainsi - tout comme le fait AURAGEN - pleinement son rôle au service de tous les acteurs Maladies Rares de la région. Une autre de ses priorités consistant à améliorer la visibilité des maladies rares dans l’espace public, la plateforme va profiter de la 15e Journée internationale des maladies rares, ce lundi, pour lancer sa chaine YouTube avec de nombreux reportages au programme dont l’un sur le LBM-FMG AURAGEN.
1 Le séquençage s’effectue systématiquement à partir d’échantillons d’ADN prélevés non-seulement sur le patient, mais aussi sur au moins deux membres de sa famille (généralement les deux parents) afin de pouvoir comparer les cartes génétiques.