Le service des explorations fonctionnelles cardiovasculaires de l'hôpital Louis Pradel est un plateau d'exploration incluant trois unités accessibles pour des examens ambulatoires (examens diagnostiques ou de recours) ou réalisés dans le cadre d'hôpitaux de jour ou d'hospitalisation conventionnelle.

Le service de médecine nucléaire réalise des examens d'imagerie utilisant des radiopharmaceutiques (molécules marquées par un isotope radioactif) à des fins diagnostiques (imagerie) ou thérapeutiques. Ces molécules tracent une fonction physiologique (cœur, rein, poumon,..) ou une pathologie (par ex oncologique) sans interférer avec le métabolisme observé, d'où leur nom de traceurs. 

Le service de cardiologie interventionnelle de l’hôpital Louis Pradel accueille des patients - enfants ou adultes, qui présentent des pathologies cardiaques ou circulatoires nécessitant une intervention en salle d’hémodynamique.

Le service propose la réalisation d’explorations fonctionnelles respiratoires classiques. Ces examens sont le plus souvent réalisés soit dans le cadre d’exploration d’une symptomatologie respiratoire, soit dans le cadre de l’évaluation d’une pathologie respiratoire.

Le service de chirurgie thoracique de l'hôpital Louis Pradel est un service de pointe spécialisé en transplantation pulmonaire, avec une expertise en greffe cœur poumon pour lequel il est l’un des deux centres reconnus en France. Il est le seul service de chirurgie thoracique des HCL et le seul dans le service public du département.

Le service de médecine du sommeil et des maladies respiratoires peut accueillir jusqu’à 20 patients quotidiennement, pour la prise en charge des troubles du sommeil et de l'insuffisance respiratoire chronique, en particulier dans le cadre de maladies neuromusculaires.

Les urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse prennent en charge 24h/24, toutes les pathologies médicales ou traumatiques simples, pouvant éventuellement nécessiter un bilan hospitalier de quelques jours pour avis spécialisé ou examens complémentaires.

L’hôpital Pierre Garraud offre un hébergement médicalisé de 305 lits de médecine du vieillissement - soins de longue durée, dont 18 lits spécialisés :
- 10 lits d’Unité d’Hébergement Renforcée (UHR) à destination des personnes atteintes de maladie d’Alzheimer ou apparentées présentant des troubles perturbateurs du comportement.

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le plateau technique d’imagerie de l’hôpital Renée Sabran assure radiographies, échographies et échographies dopplers.

Le service d’imagerie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service polyvalent très actif (plus de 82 000 actes par an dont 27 000 médicalisés), centré sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle.

Le service d'hépato-gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies digestives et du foie ainsi que l'oncologie digestive (cancers de l’estomac, colorectal, foie, voies biliaires)

Le service d'hépatologie et gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service de référence permettant de prendre en charge l’ensemble des maladies du foie et leurs complications.

Le service de médecine du vieillissement et de soins de suite et réadaptation (SSR) gériatriques de l'hôpital Renée Sabran offre une prise en charge globale des personnes âgées.

Le service de cardiologie de Lyon Croix-Rousse pilote la Fédération de cardiologie Croix-Rousse / hôpital Lyon Sud, qui propose une filière unique de prise en charge sur les deux sites des HCL et un accès facilité à la plateforme interventionnelle du site de la Croix-Rousse.

Le service d’exploration fonctionnelle respiratoire – médecine du sport et de l’activité physique est un service avec une activité de consultation et d’évaluation des pathologies respiratoires et liées à l’activité physique, de suivi de sportifs de haut niveau, et de réentrainement à l’effort dans le cadre de pathologies chroniques ou chez les sujets sédentaires.

Le service de chirurgie orthopédique de l'hôpital Renée Sabran (Var) est spécialisé en chirurgie articulaire, osseuse et ligamentaire du membre inférieur (hanche, genou, pied). 

Le service de chirurgie orthopédique et médecine du sport de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport et de l’arthrose avec trois pôles d’intérêt que sont le genou, la hanche et l’épaule.

Le service de chirurgie maxillo-faciale de l’hôpital de la Croix Rousse traite les pathologies de la tête, de la face, du cou, et de la cavité buccale chez l'adulte et le grand enfant (à partir de 14 ans).
Il est organisé en deux unités fusionnées : l’unité de chirurgie maxillo-faciale et l’unité de chirurgie orale.

Le service de chirurgie digestive et de transplantation hépatique prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum) et de la sphère hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas). Il offre aux patients une prise en charge multi-disciplinaire (chirurgie, hépatologie, gastroentérologie, endoscopie, radiologie diagnostique et interventio

Le service de chirurgie plastique esthétique et reconstructrice de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge différents types de pathologie :

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital de la Croix-Rousse assure trois missions :

Le service d’anesthésie-réanimation du pôle Est intervient pour toutes les spécialités chirurgicales du pôle Est : gynécologie, obstétrique, pédiatrie, neurologie, cardiologie, thoracique, vasculaire et radiologie.

Le service de Soins de Suite et de Réadaptation de l’hôpital Pierre Garraud prend en charge les personnes âgées de plus de 70 ans nécessitant des soins médicaux, de la réadaptation et de la rééducation.

Le service de médecine intensive - réanimation (MIR) est spécialisé dans la prise en charge des défaillances cardio-respiratoires graves et est à la pointe de l'innovation thérapeutique depuis sa création (ventilation en décubitus ventral, ventilation non-invasive, …). 

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le service de parasitologie et mycologie médicale appartient au Laboratoire de Biologie Médicale Multisite des Hospices Civils de Lyon. Il présente la particularité d’avoir à la fois une activité clinique et une activité de diagnostic biologique.