La maternité de type 2B (service de soins intensifs néonatals) de l'hôpital Lyon Sud assure le suivi et l'accouchement des grossesses simples ou présentant une anomalie.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.

Les syndromes neurologiques paranéoplasiques (SNP) et les encéphalites autoimmunes (EA) sont des maladies rares. Ils sont inclus dans le groupe des affections reconnues par le réseau Orphanet®.

Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des maladies inflammatoires rares du cerveau et de la moelle. Ces maladies ont longtemps été considérées comme des formes particulière de sclérose en plaques (SEP).

Deuxième centre adulte (hors transplantation), il développe notamment des projets autour des comorbidités tardives de l’adulte. Il est labellisé centre du réseau Européen de référence (ERN Lung- Mucoviscidose).

Le service d’oncologie médicale coordonne la prise en charge des traitements médicamenteux des patients adultes atteints de cancers. Sur le site de l'hôpital Lyon Sud, le service organise la prise en charge des chimiothérapies, des thérapies ciblées et des traitements par immunothérapie de tous les types de cancers.

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le Centre Intégré de l'Obésité (CIO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 5 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant.

Le centre référent pour les troubles du comportement alimentaire (TCA) de Lyon a été mis en place en janvier 2016 par l’ARS Rhône-Alpes, afin d’améliorer la prise en charge et le parcours de soin des patients adultes et mineurs présentant un trouble du comportement alimentaire.

Le service de psychiatrie de l’adulte a pour missions l'évaluation et la prise en charge des patients hospitalisés ou consultants aux HCL et souffrant de difficultés psychiatriques ou psychologiques en lien, ou antérieures, à leur maladie.