Le CeGIDD est le centre de dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge des accidents d’expositions au VIH, le traitement des IST et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).

Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…)  par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.

La consultation de dermatologie de l'hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies cutanées incluant les pathologies infectieuses (infections et maladies tropicales de la peau), les cancers de la peau (prise en charge chirurgicale), les maladies inflammatoires sévères (psoriasis, dermatite atopique, lichen plan, etc.) ainsi que les pathologies des muqueuses génitales.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.