Le centre expert Parkinson de Lyon assure la prise en charge à tous les stades et pour tous les traitements (médicamenteux, pompes, chirurgies) des patients parkinsoniens de la région Auvergne Rhône-Alpes et au-delà.
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La consultation de chirurgie cranio-maxillo-faciale et plastique pédiatrique de l’hôpital Femme Mère Enfant prend en charge toutes les pathologies de l’enfant atteignant le crâne, le visage, le cou ainsi que les pathologies cutanées du corps entier.
La maternité de type 2B (service de soins intensifs néonatals) de l'hôpital Lyon Sud assure le suivi et l'accouchement des grossesses simples ou présentant une anomalie.
L'Institut des agents infectieux (Centre de Biologie Nord, Laboratoire de biologie médicale et de pathologie) héberge 4 centres nationaux de référence, experts dans la microbiologie des maladies infectieuses.
Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.
Le Centre mémoire ressource recherche (CMRR) organise les cinq consultations « mémoire » du CHU, structure le parcours de soins pour le diagnostic, la prise en soins notamment pour les troubles du comportement, en collaboration avec les médecins de ville.
Le centre de médecine hyperbare, seul centre régional (16 places) assure les indications médicales de l’oxygénothérapie hyperbare.
Les syndromes neurologiques paranéoplasiques (SNP) et les encéphalites autoimmunes (EA) sont des maladies rares.
Le centre de référence pour les épilepsies rares réunit les équipes d’épileptologie pour enfants, pour adultes, la neuropédiatrie, la génétique et la neurochirurgie des épilepsies.