Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire. Il est particulièrement impliqué dans la prise en charge thérapeutique de l'insuffisance respiratoire sévère, des pathologies respiratoires du sommeil et maîtrise l'ensemble des techniques, notamment celles de support ventilatoire.

Le service d'ORL pédiatrique de l'hôpital femme-mère-enfant prend en charge toutes les pathologies oto-rhino-laryngologiques de la face et du cou, ainsi que les surdités de tous types de l'enfant.

Le service d'ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l'hôpital Edouard Herriot comporte plusieurs axes de sur-spécialisation en termes de traitement, de recherche et d'enseignement :

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital Edouard Herriot est le service des urgences ophtalmologiques de Lyon et de sa région.

Le service d'oncologie médicale de l'hôpital Edouard Herriot, offre une prise en charge pluridisciplinaire des cancers digestifs et des tumeurs neuroendocrines.

Le service de neurologie pédiatrique est spécialisé dans le diagnostic et le traitement des maladies du système nerveux de l’enfant, du nouveau-né à l'adolescent.

Le service de neurochirurgie pédiatrique de l’Hôpital Femme Mère Enfant (HFME) prend en charge toutes les pathologies du système nerveux central qui nécessitent une prise en charge chirurgicale. Il comprend 10 lits d’hospitalisation ainsi qu’un accès (à hauteur de 4 lits) au service d’hospitalisation de semaine et à l’unité de soins continus chirurgicaux.