Le service d’hépato-gastro-entérologie et assistance nutritionnelle de l'hôpital Lyon Sud prend en charge l’ensemble des maladies du tube digestif, du foie, des voies biliaires, du pancréas, de l'anus et tous les cancers digestifs ; les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), avec une expertise reconnue en France ; les maladies dysimmunitaires du tube digestif, et plus globalem

Le service de médecine du sommeil et des maladies respiratoires peut accueillir jusqu’à 20 patients quotidiennement, pour la prise en charge des troubles du sommeil et de l'insuffisance respiratoire chronique, en particulier dans le cadre de maladies neuromusculaires.

Le service d’accueil des urgences de l’hôpital Lyon Sud accueille les patients de plus de 18 ans se présentant spontanément, adressés par un médecin libéral ou par le centre 15. Il assure une prise en charge des pathologies aigues médicales, chirurgicales ou traumatologiques 24/24h et 7/7 jours. Il peut accueillir environ 40 000 patients/an.