Le Centre Régional du Psychotraumatisme Auvergne-Rhône-Alpes (CRP) est un dispositif visant à faciliter la prise en charge des personnes souffrant d’un trouble de stress post-traumatique.

Le CeGIDD est le centre de dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge des accidents d’expositions au VIH, le traitement des IST et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).

Le service universitaire de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital Edouard Herriot est le service référent des Hospices Civils de Lyon dans la prise en charge de toutes les pathologies de la main (SOS main), du poignet, du coude et de l'épaule d’origines traumatiques ou non, aigües ou chroniques.

Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…)  par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.

Le service de médecine légale comprend l’institut de médecine légale (IML) et deux unités de médecine légale du vivant : les unités médico-judiciaires (UMJ) majeurs et mineurs.

La consultation de dermatologie de l'hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies cutanées incluant les pathologies infectieuses (infections et maladies tropicales de la peau), les cancers de la peau (prise en charge chirurgicale), les maladies inflammatoires sévères (psoriasis, dermatite atopique, lichen plan, etc.) ainsi que les pathologies des muqueuses génitales.