Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).
Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…) par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.
Le service d'urgences et de réanimation pédiatriques de l’hôpital Femme Mère Enfant accueille les enfants de 0 à 18 ans qui nécessitent des soins urgents ou qui se trouvent en situation de détresse vitale/d’affection aiguë grave.
La consultation de dermatologie de l'hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies cutanées incluant les pathologies infectieuses (infections et maladies tropicales de la peau), les cancers de la peau (prise en charge chirurgicale), les maladies inflammatoires sévères (psoriasis, dermatite atopique, lichen plan, etc.) ainsi que les pathologies des muqueuses génitales.
Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.
Le service d’anesthésie-réanimation de l'hôpital Lyon Sud participe au service public de soins en hospitalisation programmée, en ambulatoire (le patient est hospitalisé le matin et sort le soir même après sa chirurgie), en urgence.
L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.
Le centre d’addictologie de l'hôpital de la Croix-Rousse regroupe cinq offres de soins en addictologie axées sur une prise en charge pluridisciplinaire : médicale, infirmière, psychologique et sociale.
Le département médico-chirurgical de cardiologie congénitale, fœtale, pédiatrique et adulte assure la prise en charge médicale et chirurgicale des pathologies cardiaques congénitales chez l’adulte et l’enfant.
Le service d'hématologie de l'hôpital Lyon Sud est un centre de référence pour les maladies du sang (onco-hématologie, hématologie générale) spécialisé dans les hémopathies lymphoïdes et dans les pathologies myéloïdes et l'allogreffe.