Le service de cardiologie de Lyon Croix-Rousse pilote la Fédération de cardiologie Croix-Rousse / hôpital Lyon Sud, qui propose une filière unique de prise en charge sur les deux sites des HCL et un accès facilité à la plateforme interventionnelle du site de la Croix-Rousse.

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).