Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse accueille les bébés prématurés et les nouveau-nés nécessitant des soins spécifiques. Il est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (à partir de 23 semaines d’aménorrhée).

Le service de médecine interne de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies systémiques (maladies auto-immunes ou inflammatoires touchant plusieurs organes) et les patients souffrant de symptômes inexpliqués.