Le service d'Endocrinologie-Diabète-Nutrition de l'hôpital Lyon Sud est spécialisé dans la prise en charge des maladies endocriniennes et métaboliques. Il intervient dans le traitement du diabète et de ses complications, de l'obésité, des pathologies thyroïdiennes, des insuffisances surrénaliennes et des pathologies hypophysaires.
Le service de chirurgie digestive et oncologique de l’hôpital Lyon Sud prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum, péritoine) et hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas).
Le centre spécialisé de l'obésité (CSO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 40 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant sur son territ
L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.
Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.