Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

La consultation de chirurgie cranio-maxillo-faciale et plastique pédiatrique de l’hôpital Femme Mère Enfant prend en charge toutes les pathologies de l’enfant atteignant le crâne, le visage, le cou ainsi que les pathologies cutanées du corps entier.

Située à l'hôpital Femme Mère Enfant, la biberonnerie est une unité dédiée à la fabrication des nutritions infantiles lactées pour l’ensemble des nouveau-nés, nourrissons et enfants hospitalisés des HCL.