Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.
Le service de soins dentaires et d'odontologie hospitalière prend en charge les patients atteints de pathologies bucco-dentaires. Pour les soins courants, les patients sont pris en charge par des résidents et des apprenants sous la supervision de chirurgiens-dentistes enseignants hospitalo-universitaires.
Le service de chirurgie orthopédique, traumatologique et plastie de l’enfant de l’hôpital Femme Mère Enfant traite les pathologies de l’appareil locomoteur du nourrisson, de l’enfant et de l’adolescent au niveau des membres inférieurs et supérieurs et de la colonne vertébrale.
Le service de neurochirurgie pédiatrique prend en charge toutes les pathologies du système nerveux central qui nécessitent une prise en charge chirurgicale. L’ensemble des interventions chirurgicales se déroule au bloc opératoire de l’HFME qui est dédié aux prises en charge pédiatriques.
Le service rassemble toutes les compétences chirurgicales et anesthésiques concernant les chirurgies urologique, génitale, viscérale, thoracique, néonatale, oncologique et transplantations rénale et hépatique de l'enfant, ainsi que les urgences chirurgicales.