Le centre des déficiences intellectuelles et polyhandicaps de causes rares a pour mission d'améliorer la prise en charge des enfants et adultes atteints de polyhandicap et de promouvoir la formation et la recherche dans ce domaine.
Le centre des maladies rares du métabolisme du calcium et du phosphate (CaP) - Centre de référence constitutif (CRMR) est pluri-disciplinaire et prend en charge les enfants et les adultes atteints d’anomalies de la régulation de la calcémie (hyper ou hypocalcémie, hyper ou hypoparathyroidie, etc.) et/ou de la phosphatémie (rachitisme hypophosphatémique, calcinose tumorale, etc.).
Le centre des maladies rénales rares de la Réunion et du Grand-Est (MaReGe) est dédié à la prise en charge des maladies rénales rares de l’enfant et de l’adulte permettant ainsi une prise en charge globale et une transition enfant‑adulte optimisée.
Le Centre de Référence « Mort Inattendue du Nourrisson » (CRMIN) de Lyon fait partie des 34 CRMIN de France, créés par une circulaire du Ministère de la Santé le 14 mars 1986. Il est responsable de la prise en charge des cas de MIN du département du Rhône, de l’Ain, de l’Ardèche, de la Drôme et du Nord Isère.
Le service de médecine intensive - réanimation (MIR) de l'hôpital Edouard Herriot accueille, en fonction de leur gravité, tout type de patients en détresse vitale ou nécessitant des soins rapprochés.
Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.