Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.
Le CRDI de Lyon prend en charge l’ensemble des déficiences intellectuelles de causes rares de l’enfant, allant de la déficience intellectuelle (DI) légère à sévère.
Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.
Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.
Le service de soins dentaires et d'odontologie hospitalière prend en charge les patients atteints de pathologies bucco-dentaires. Pour les soins courants, les patients sont pris en charge par des résidents et des apprenants sous la supervision de chirurgiens-dentistes enseignants hospitalo-universitaires.