Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Dédié à la prise en charge et à l’accompagnement pédopsychiatrique des situations complexes (niveau 3), ce service est composé de 4 unités fonctionnelles, orientées sur l’évaluation et la prise en charge globale et pluridisciplinaire des troubles du comportement et de la régulation émotionnelle de l’enfant et de l’adolescent (enfant de moins de 16 ans).

Le service de neurologie pédiatrique est spécialisé dans le diagnostic et le traitement des maladies du système nerveux de l’enfant, du nouveau-né à l'adolescent.

L’Escale est le service de médecine physique et réadaptation pédiatrique des HCL.

Le service accueille les enfants et adolescents de 0 à 18 ans pour les accompagner dans la prise en charge de leurs maladies respiratoires et allergiques.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital Femme Mère Enfant assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.       

Dans le cadre du premier plan maladies rares, le centre de référence national des anomalies du développement et syndromes malformatifs de Lyon a été labellisé en 2007 au sein du service de génétique du CHU de Lyon. Il s'agit d'un centre multisites incluant les sites de Lyon (site coordonnateur), Grenoble, Saint-Etienne et Clermont-Ferrand.

Le service de génétique des HCL est composé d'une unité médicale de génétique clinique et de trois unités médicales biologiques.

L’équipe hospitalière pluridisciplinaire du Centre de Référence TLA (troubles du langage et des apprentissages) des HCL a développé un niveau d’expertise dans le domaine des troubles du neurodéveloppement (TND). Son rôle est d’établir le diagnostic et d’élaborer une stratégie de prise en charge thérapeutique, psychologique et d’accompagnement scolaire et social.