Le centre d’addictologie de l'hôpital de la Croix-Rousse regroupe cinq offres de soins en addictologie axées sur une prise en charge pluridisciplinaire : médicale, infirmière, psychologique et sociale.

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le service des maladies infectieuses et tropicales est spécialisé dans le diagnostic et la prise en charge de toutes les pathologies infectieuses d’origine bactérienne, virale, fongique ou parasitaire, ainsi que les pathologies liées aux voyages (prévention et pathologies du retour).

Le service d'hépatologie et gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service de référence permettant de prendre en charge l’ensemble des maladies du foie et leurs complications.

Le CeGIDD est le centre de dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge des accidents d’expositions au VIH, le traitement des IST et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.