Le service de chirurgie thoracique de l'hôpital Louis Pradel est un service de pointe spécialisé en transplantation pulmonaire, avec une expertise en greffe cœur poumon pour lequel il est l’un des deux centres reconnus en France. Il est le seul service de chirurgie thoracique des HCL et le seul dans le service public du département.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le service de chirurgie orthopédique de l'hôpital Renée Sabran (Var) est spécialisé en chirurgie articulaire, osseuse et ligamentaire du membre inférieur (hanche, genou, pied). 

Le service de chirurgie orthopédique et urgences traumatologiques de l’hôpital Edouard Herriot prend en charge les affections dégénératives (arthrose), les affections liées à la pathologie sportive, les séquelles de traumatisme (chirurgie reconstructrice secondaire) et les pathologies infectieuses et tumorales osseuses des membres inférieurs.

La consultation spécialisée de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport, traumatique et dégénérative de la main, du coude et de l'épaule.

Située à l'hôpital Femme Mère Enfant, la biberonnerie est une unité dédiée à la fabrication des nutritions infantiles lactées pour l’ensemble des nouveau-nés, nourrissons et enfants hospitalisés des HCL.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse accueille les bébés prématurés et les nouveau-nés nécessitant des soins spécifiques. Il est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (à partir de 23 semaines d’aménorrhée).

Le service de chirurgie orthopédique et médecine du sport de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport et de l’arthrose avec trois pôles d’intérêt que sont le genou, la hanche et l’épaule.

Le service de néonatologie de l’hôpital Femme Mère Enfant prend en charge les nouveau-nés prématurés ou à terme présentant toutes pathologies médicales, malformatives ou chirurgicales.

Le service universitaire de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital Edouard Herriot est le service référent des Hospices Civils de Lyon dans la prise en charge de toutes les pathologies de la main (SOS main), du poignet, du coude et de l'épaule d’origines traumatiques ou non, aigües ou chroniques.