Située à l'hôpital Femme Mère Enfant, la biberonnerie est une unité dédiée à la fabrication des nutritions infantiles lactées pour l’ensemble des nouveau-nés, nourrissons et enfants hospitalisés des HCL.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

L’unité d’imagerie de l’hôpital Louis Pradel comporte un plateau médicotechnique spécialisé pour la prise en charge des activités d’imagerie liées à la cardiologie adulte et pédiatrique, à la pneumologie et à l’oncologie thoracique et à l'endocrinologie.

Le service réunit les expertises relatives à deux spécialités : la prise en charge des troubles neurocognitifs et les troubles de la vision d’origine neurologique.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital Edouard Herriot est le service des urgences ophtalmologiques de Lyon et de sa région.

Le service d’imagerie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service polyvalent très actif (plus de 82 000 actes par an dont 27 000 médicalisés), centré sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle.

Le service d'imagerie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients hospitalisés et les patients de la médecine de ville.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse accueille les bébés prématurés et les nouveau-nés nécessitant des soins spécifiques. Il est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (à partir de 23 semaines d’aménorrhée).

Le service de néonatologie de l’hôpital Femme Mère Enfant accueille les nouveau-nés prématurés ou à terme nécessitant des soins médicaux, chirurgicaux ou liés à une malformation. Ce service se positionne comme un centre de référence pour de nombreuses pathologies.

Le service d’imagerie de l’hôpital Lyon Sud est un service polyvalent très actif, centré sur l’oncologie, le dépistage, le diagnostic et l’imagerie interventionnelle.

Le service d’Imagerie de l’hôpital Pierre Wertheimer comprend un plateau médicotechnique spécialisé pour la prise en charge des activités d’imagerie liée à la neurologie adulte (neuroradiologie diagnostique et interventionnelle).
Il se compose d'une unité d'imagerie Neuro-Diagnostique et d'une unité  d'imagerie Neuro-Interventionnelle.

Le service d‘imagerie de l'hôpital Femme Mère Enfant est un service spécialisé dans l'imagerie pédiatrique et fœtale ainsi que dans l'imagerie de la femme.

Le plateau technique d’imagerie de l’hôpital Renée Sabran assure radiographies, échographies et échographies dopplers.