Le service d’ORL assure la prise en charge diagnostique et le traitement médical ou chirurgical des affections touchant les oreilles, le nez, les sinus, le larynx, la gorge, la face, le cou. Cette prise en charge associe des praticiens ORL spécialisés dans certains domaines.

Le service d'ORL pédiatrique de l'hôpital femme-mère-enfant prend en charge toutes les pathologies oto-rhino-laryngologiques de la face et du cou, ainsi que les surdités de tous types de l'enfant.

Le service universitaire d’ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l’hôpital Édouard Herriot est une référence régionale et nationale dans la prise en charge des pathologies ORL et cervico-faciales.

Le service de médecine interne assure la prise en charge des patients présentant des pathologies complexes, multisystémiques ou de diagnostic difficile.

Le service de médecine interne de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients atteints de pathologies auto-immunes systémiques, de maladies vasculaires artérielles ou veineuses, fréquentes ou rares.

Le service de médecine interne de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies systémiques (maladies auto-immunes ou inflammatoires touchant plusieurs organes) et les patients souffrant de symptômes inexpliqués. 

Le service est spécialisé dans le dépistage, le diagnostic et la prise en charge des troubles de l'audition et de l'équilibre. Il prend en charge les patients de tous âges souffrant de baisse de l'audition, de vertiges ou d'acouphènes. 

Le centre des déficiences intellectuelles et polyhandicaps de causes rares a pour mission d'améliorer la prise en charge des enfants et adultes atteints de polyhandicap et de promouvoir la formation et la recherche dans ce domaine.

Le service de médecine légale comprend l’institut de médecine légale (IML) et deux unités de médecine légale du vivant : les unités médico-judiciaires (UMJ) majeurs et mineurs.