Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de référence des infections ostéoarticulaires complexes (CRIOAc) est composé d’équipes pluridisciplinaires expérimentées comportant des chirurgiens, des infectiologues, des microbiologistes, mais aussi des anesthésistes, pharmaciens, médecins rééducateurs, kinésithérapeutes, et psychologues dédiées à la prise en charge des infections ostéoarticulaires.

Située à l'hôpital Femme Mère Enfant, la biberonnerie est une unité dédiée à la fabrication des nutritions infantiles lactées pour l’ensemble des nouveau-nés, nourrissons et enfants hospitalisés des HCL.

Le centre de médecine des voyages et vaccinations internationales propose des consultations pour les adultes et les enfants avant le départ ou de retour de voyage.

Le service de médecine interne de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies systémiques (maladies auto-immunes ou inflammatoires touchant plusieurs organes) et les patients souffrant de symptômes inexpliqués. 

Le service de médecine interne prend en charge, de façon globale et à but diagnostic, des patients adultes qui présentent des symptômes généraux non spécifiques (fièvre, altération de l’état général, amaigrissement, anomalie biologique …) et est centre de référence pour la mucoviscidose.

Le service de médecine interne de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients atteints de pathologies auto-immunes systémiques, de maladies vasculaires artérielles ou veineuses, fréquentes ou rares.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse accueille les bébés prématurés et les nouveau-nés nécessitant des soins spécifiques. Il est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (à partir de 23 semaines d’aménorrhée).

Le service des maladies infectieuses et tropicales est spécialisé dans le diagnostic et la prise en charge de toutes les pathologies infectieuses d’origine bactérienne, virale, fongique ou parasitaire, ainsi que les pathologies liées aux voyages (prévention et pathologies du retour).

Le service de néonatologie de l’hôpital Femme Mère Enfant accueille les nouveau-nés prématurés ou à terme nécessitant des soins médicaux, chirurgicaux ou liés à une malformation. Ce service se positionne comme un centre de référence pour de nombreuses pathologies.

Le CeGIDD prend en charge le dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge médicale des IST et des partenaires d’une personne dépistée positive. La prise en charge des accidents d’expositions sexuelles au VIH, et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).