Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le service de néphrologie-rhumatologie-dermatologie pédiatriques prend en charge un grand nombre de maladies rares ou communes, du diagnostic anténatal à la transition vers les services pour adultes à 18 ans.

Le centre du diabète DIAB-eCARE est un service des Hospices Civils de Lyon « hors les murs de l’hôpital ». Il s’agit d’une unité de soins ambulatoires dédiée aux adolescents et aux adultes porteurs d'un diabète et spécialisée dans le diabète de type 1.

Le service de chirurgie orthopédique, traumatologique et plastie de l’enfant de l’hôpital Femme Mère Enfant traite les pathologies de l’appareil locomoteur du nourrisson, de l’enfant et de l’adolescent au niveau des membres inférieurs et supérieurs et de la colonne vertébrale.

L’hôpital Pierre Garraud offre un hébergement médicalisé de 305 lits de médecine du vieillissement - soins de longue durée, dont 18 lits spécialisés :
- 10 lits d’Unité d’Hébergement Renforcée (UHR) à destination des personnes atteintes de maladie d’Alzheimer ou apparentées présentant des troubles perturbateurs du comportement.

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le service de neuro-psychiatrie a pour missions l'évaluation et la prise en charge des patients hospitalisés ou consultants à l'hôpital Pierre Wertheimer et souffrant de difficultés psychiatriques ou psychologiques en lien, ou antérieures, à leur maladie.

Le service fait partie du centre mémoire ressource recherche (CMRR) de Lyon et assure dans ce cadre une consultation mémoire dédiée au diagnostic et à la prise en charge de patients avec maladie d’Alzheimer ou apparentées, et de manière plus générale aux troubles cognitifs d’origine neurobiologique.

Le service de neurologie vasculaire est dédié à la prise en charge, en urgence, des accidents vasculaires cérébraux (AVC) et des accidents ischémiques transitoires (AIT).

Le service de neuro-oncologie s’intéresse à la prise en charge des tumeurs cérébrales et aux complications neurologiques des cancers systémiques. Il est également Centre de référence national des syndromes neurologiques paranéoplasiques et des encéphalites auto-immunes.

Le service de neurologie fonctionnelle et d’épileptologie est spécialisé dans la prise en charge des patients souffrant d’épilepsie et dans les explorations fonctionnelles du cerveau et de la moelle épinière via la réalisation d’électroencéphalogrammes et de potentiels évoqués.

Le service réunit les expertises relatives à deux spécialités : la prise en charge des troubles neurocognitifs et les troubles de la vision d’origine neurologique.

Le service de neurologie - troubles du mouvement et des pathologies musculaires s’investit particulièrement dans certaines surspécialités de la neurologie : maladie de Parkinson et mouvements anormaux d’une part ; SLA (Sclérose Latérale Amyotrophique ou maladie de Charcot) et pathologies neuromusculaires d’autre part.

Le service est spécialisé dans la prise en charge de la sclérose en plaques (SEP) et des pathologies inflammatoires et démyélinisantes du système nerveux central (neuro-opticomyélite de Devic, leucodystrophies), y compris chez l'enfant.

Le service de neurochirurgie fonctionnelle est un service pionnier dans les traitements des pathologies de la moelle et des nerfs. Il a ainsi mis ou point ou développé de nombreuses techniques chirurgicales.

Le service d’imagerie du groupement hospitalier Est est organisé en services spécialisés (cardiologie, gynécologie, obstétrique, pédiatrie, neurologie) centrés sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle, l’urgence, la permanence des soins et le dépistage.

Le service d’hémostase clinique est spécialisé dans le diagnostic et le suivi des pathologies hémorragiques et thrombotiques constitutionnelles et acquises.

Le service d’électroneuromyographie et de pathologies neuromusculaires a trois activités principales.

Le service de Soins de Suite et de Réadaptation de l’hôpital Pierre Garraud prend en charge les personnes âgées de plus de 70 ans nécessitant des soins médicaux, de la réadaptation et de la rééducation.

Le service de médecine intensive - réanimation (MIR) est spécialisé dans la prise en charge des défaillances cardio-respiratoires graves et est à la pointe de l'innovation thérapeutique depuis sa création (ventilation en décubitus ventral, ventilation non-invasive, …). 

Le service de pneumo-allergologie pédiatrique prend en charge des enfants souffrant de maladies respiratoires et allergiques courantes (asthme, allergies respiratoires et alimentaires, médicamenteuses)

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le service de parasitologie et mycologie médicale appartient au Laboratoire de Biologie Médicale Multisite des Hospices Civils de Lyon. Il présente la particularité d’avoir à la fois une activité clinique et une activité de diagnostic biologique.

Le service d'ORL pédiatrique de l'hôpital femme-mère-enfant prend en charge toutes les pathologies oto-rhino-laryngologiques de la face et du cou, ainsi que les surdités de tous types de l'enfant.

Le service de neurologie pédiatrique est spécialisé dans le diagnostic et le traitement des maladies du système nerveux de l’enfant, du nouveau-né à l'adolescent.

Le service de neurochirurgie pédiatrique prend en charge toutes les pathologies du système nerveux central qui nécessitent une prise en charge chirurgicale. L’ensemble des interventions chirurgicales se déroule au bloc opératoire de l’HFME qui est dédié aux prises en charge pédiatriques.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.