Le service de chirurgie digestive de l’hôpital Edouard Herriot traite les pathologies du tube digestif dans son ensemble (chirurgie oeso-gastrique, chirurgie colorectale), l’obésité (chirurgie bariatrique), les pathologies du foie, des voies biliaires et du pancréas (chirurgie hépato biliaire et pancréatique), les tumeurs endocriniennes digestives (chirurgie endocrinienne), les hernies et évent

Le service est spécialisé dans le dépistage, le diagnostic et la prise en charge des troubles de l'audition et de l'équilibre. Il prend en charge les patients de tous âges souffrant de baisse de l'audition, de vertiges ou d'acouphènes. 

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital Louis Pradel intervient lors des 6 000 interventions chirurgicales et procédures invasives réalisées chaque année par les chirurgiens, les cardiologues et les pneumologues de l’établissement.

Le service de médecine interne de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients atteints de pathologies auto-immunes systémiques, de maladies vasculaires artérielles ou veineuses, fréquentes ou rares.

Le cancer chez l’enfant est une maladie rare qui représente moins de 3 % de l’ensemble des cancers. Pour leur offrir la meilleure prise en charge par des experts reconnus dans des conditions optimales, les enfants sont soignés au sein d’un bâtiment spécialisé, l’Institut d’Hématologie et d’Oncologie Pédiatrique.

Le service d’imagerie du groupement hospitalier Est est organisé en services spécialisés (cardiologie, gynécologie, obstétrique, pédiatrie, neurologie) centrés sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle, l’urgence, la permanence des soins et le dépistage.

Le service d’anesthésie et de réanimation de l’hôpital Edouard Herriot assure la continuité des soins avec des services opérationnels  24 heures/24, 7 jours/7.

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital Pierre Wertheimer intervient dans la prise en charge des urgences neurologiques et lors des 4 500 interventions réalisées chaque année par les chirurgiens et les radiologues de l’établissement. Elle prend en charge plus de 1 600 séjours/an de réanimation ou de soins post-interventionnels.

Le centre de médecine hyperbare, seul centre régional (16 places) assure les indications médicales de l’oxygénothérapie hyperbare.

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.

Le service propose la réalisation d’explorations fonctionnelles respiratoires classiques. Ces examens sont le plus souvent réalisés soit dans le cadre d’exploration d’une symptomatologie respiratoire, soit dans le cadre de l’évaluation d’une pathologie respiratoire.

Le CeGIDD prend en charge le dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge médicale des IST et des partenaires d’une personne dépistée positive. La prise en charge des accidents d’expositions sexuelles au VIH, et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

En 2023, un nouveau service de prise en charge des pathologies neurochirurgicales du crâne a été créé. Il s’agit de la réunion des savoir-faire sur différentes thématiques : base du crâne, tumeurs cérébrales, malformations vasculaires, hydrocéphalie, etc.

Le Centre Régional du Psychotraumatisme Auvergne-Rhône-Alpes (CRP) est un dispositif visant à faciliter la prise en charge des personnes souffrant d’un trouble de stress post-traumatique.

Le service d'ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l'hôpital Edouard Herriot comporte plusieurs axes de sur-spécialisation en termes de traitement, de recherche et d'enseignement : la chirurgie de l'oreille sourde ou malformée, la chirurgie fonctionnelle et esthétique de la face et plus spécialement du nez, la chirurgie de la face paralysée, la chirurgie endoscopique mi

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital Edouard Herriot est le service des urgences ophtalmologiques de Lyon et de sa région.

Le service fait partie du centre mémoire ressource recherche (CMRR) de Lyon et assure dans ce cadre une consultation mémoire dédiée au diagnostic et à la prise en charge de patients avec maladie d’Alzheimer ou apparentées, et de manière plus générale aux troubles cognitifs d’origine neurobiologique.