L’Escale est le service de médecine physique et réadaptation pédiatrique des HCL.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse accueille les bébés prématurés et les nouveau-nés nécessitant des soins spécifiques. Il est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (à partir de 23 semaines d’aménorrhée).

Le Centre de médecine du sommeil est un service pluridisciplinaire dédié aux explorations et à la prise en charge de l’ensemble des troubles du sommeil de l’adulte.

Le service de médecine intensive - réanimation (MIR) est spécialisé dans la prise en charge des défaillances cardio-respiratoires graves et est à la pointe de l'innovation thérapeutique depuis sa création (ventilation en décubitus ventral, ventilation non-invasive, …). 

Le service accueille les enfants et adolescents de 0 à 18 ans pour les accompagner dans la prise en charge de leurs maladies respiratoires et allergiques.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital Femme Mère Enfant assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.       

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non. 

Dans le cadre du premier plan maladies rares, le centre de référence national des anomalies du développement et syndromes malformatifs de Lyon a été labellisé en 2007 au sein du service de génétique du CHU de Lyon. Il s'agit d'un centre multisites incluant les sites de Lyon (site coordonnateur), Grenoble, Saint-Etienne et Clermont-Ferrand.

Le service de génétique des HCL est composé d'une unité médicale de génétique clinique et de trois unités médicales biologiques.

L’équipe hospitalière pluridisciplinaire du Centre de Référence TLA (troubles du langage et des apprentissages) des HCL a développé un niveau d’expertise dans le domaine des troubles du neurodéveloppement (TND). Son rôle est d’établir le diagnostic et d’élaborer une stratégie de prise en charge thérapeutique, psychologique et d’accompagnement scolaire et social.