Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de prélèvements du Centre de Biologie et Pathologie Est accueille toute personne souhaitant réaliser des examens de biologie médicale. Les analyses peuvent avoir été prescrites lors d’une consultation aux HCL ou par un professionnel extérieur aux HCL.

Le centre des brûlés de Lyon réunit une équipe de plus de 150 médecins et professionnels soignants et non-soignants et est labellisé centre de niveau européen. Il regroupe les activités de prise en charge de la brûlure (urgence, réanimation, rééducation et chirurgie) sur un site unique.

Le service d’imagerie du groupement hospitalier Est est organisé en services spécialisés (cardiologie, gynécologie, obstétrique, pédiatrie, neurologie) centrés sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle, l’urgence, la permanence des soins et le dépistage.

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service d’imagerie de l'hôpital Lyon Sud est un service polyvalent très actif (plus de 117 000 actes par an dont 45 000 médicalisés), centré sur l’oncologie, le dépistage, le diagnostic et l’imagerie interventionnelle.

Le service d'imagerie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients hospitalisés et les patients de la médecine de ville.

Le service d’anesthésie et de réanimation de l’hôpital Edouard Herriot assure la continuité des soins avec des services opérationnels  24 heures/24, 7 jours/7.

Le service de médecine nucléaire réalise des examens d'imagerie utilisant des radiopharmaceutiques (molécules marquées par un isotope radioactif) à des fins diagnostiques (imagerie) ou thérapeutiques. Ces molécules tracent une fonction physiologique (cœur, rein, poumon,..) ou une pathologie (par ex oncologique) sans interférer avec le métabolisme observé, d'où leur nom de traceurs. 

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Le plateau technique d’imagerie de l’hôpital Renée Sabran assure radiographies, échographies et échographies dopplers.

Le service d’imagerie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service polyvalent très actif (plus de 82 000 actes par an dont 27 000 médicalisés), centré sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle.