Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de médecine hyperbare (CMH), seul centre de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, assure les indications médicales de l’oxygénothérapie hyperbare.

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Les soins palliatifs sont destinés aux patients atteints de maladies graves et incurables, en phase évolutive et/ou terminale (cancers, insuffisances d’organes, maladies neurodégénératives, pathologies cardiovasculaires…). Les soins sont centrés sur la personne et son entourage dans une approche globale et pluridisciplinaire.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Située à l'hôpital Femme Mère Enfant, la biberonnerie est une unité dédiée à la fabrication des nutritions infantiles lactées pour l’ensemble des nouveau-nés, nourrissons et enfants hospitalisés des HCL.

Le service de chirurgie vasculaire et endovasculaire du Pr Millon prend en charge toutes les pathologies touchant le système de circulation du sang (veines et artères). L’équipe chirurgicale forte de 11 chirurgiens assure toute l’année, 24/24h, la continuité des soins des patients.

Le service de médecine palliative accueille les patients atteints de cancer mais également de polypathologie, d’insuffisance d’organes… afin d’améliorer leur qualité de vie et celle de leur entourage, grâce à une équipe multidisciplinaire organisée sur 2 sites : à l'hôpital Lyon Sud et à l'hôpital de la Croix-Rousse. 

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.