Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.

Le centre spécialisé de l'obésité des Hospices Civils de Lyon est l'un des 5 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant.

Le Hub Prévention de l’hôpital Louis Pradel propose un accompagnement personnalisé pour réduire durablement les risques cardiovasculaires et métaboliques, et améliorer la santé.

Le service de médecine palliative accueille les patients atteints de cancer mais également de polypathologie, d’insuffisance d’organes… afin d’améliorer leur qualité de vie et celle de leur entourage, grâce à une équipe multidisciplinaire organisée sur 2 sites : à l'hôpital Lyon Sud et à l'hôpital de la Croix-Rousse. 

Les soins palliatifs sont destinés aux patients atteints de maladies graves et incurables, en phase évolutive et/ou terminale (cancers, insuffisances d’organes, maladies neurodégénératives, pathologies cardiovasculaires…). Les soins sont centrés sur la personne et son entourage dans une approche globale et pluridisciplinaire.

Le service de médecine de la reproduction de l’hôpital Femme Mère Enfant (HFME) des Hospices Civils de Lyon est l’un des plus importants centres français dans la prise en charge de l’infertilité et la préservation de la fertilité.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le centre du diabète DIAB-eCARE est dédié aux adolescents et aux adultes porteurs d'un diabète et est spécialisé dans le diabète de type 1.