Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service d’hépato-gastroentérologie de l’hôpital Edouard Herriot est historiquement un service pionnier dans les spécialités embrassant l’ensemble de la discipline. Reconnu au niveau national et international pour la qualité de ses travaux, les médecins proposent une offre complète et d’excellence.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Le service d'hépato-gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies digestives et du foie ainsi que l'oncologie digestive (cancers de l’estomac, colorectal, foie, voies biliaires)

Le service d'explorations fonctionnelles digestives de l'hôpital Edouard Herriot propose des consultations spécialisées pour l'exploration et la prise en charge des troubles du fonctionnement de l’appareil digestif.

Le service est dédié à la prise en charge de pathologies digestives et hépatiques de l’enfant, d’un caractère chronique et grave.

Dédié à la prise en charge et à l’accompagnement pédopsychiatrique des situations complexes (niveau 3), ce service est composé de 4 unités fonctionnelles, orientées sur l’évaluation et la prise en charge globale et pluridisciplinaire des troubles du comportement et de la régulation émotionnelle de l’enfant et de l’adolescent (enfant de moins de 16 ans).

Le service d'hépatologie et gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service de référence permettant de prendre en charge l’ensemble des maladies du foie et leurs complications.