Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.

Le centre de référence pour les épilepsies rares réunit les équipes d’épileptologie pour enfants, pour adultes, la neuropédiatrie, la génétique et la neurochirurgie des épilepsies.

La mission du centre de référence des maladies neuromusculaires PACA - Réunion - Rhône Alpes a pour mission d'améliorer le diagnostic et la prise en soins des enfants et adultes atteints de maladies neuromusculaires.

Situé au 1^er étage des bâtiments I et H, le Centre de l’Insuffisance Respiratoire (CIR), assure la prise en charge des patients souffrants d’insuffisance respiratoire chronique, de toute nature, aussi bien obstructive que restrictive ou mixte.

L’activité d’urgence psychiatrique est organisée afin de répondre au mieux aux situations d’urgences (état d’agitation, troubles psychotiques, décompensation d’une pathologie psychiatrique, crises suicidaires …), pour permettre une prise en charge initiale, une orientation adéquate et/ou un traitement de courte durée des situations de crises au sein de l’unité d’hospitalisation.

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Le service d’électroneuromyographie et de pathologies neuromusculaires a trois activités principales.

Les malades bénéficient des compétences de praticiens reconnus nationalement et internationalement et référents dans leur domaine ainsi que de la synergie avec les services d’exploration fonctionnelle respiratoire, d’imagerie, de chirurgie et d’anatomopathologie localisés sur le même site hospitalier.

Le service de pneumo-allergologie pédiatrique prend en charge des enfants souffrant de maladies respiratoires et allergiques courantes (asthme, allergies respiratoires et alimentaires, médicamenteuses)

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prends en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service d'epileptologie clinique, des troubles du sommeil et de neurologie fonctionnelle de l'enfant offre une expertise clinique de renommée internationale et réalise toutes les investigations neurophysiologiques grâce à une technologie de pointe et des compétences médicales d’excellence.

Le service des maladies respiratoires accueille des patients atteints de mucoviscidose et des patients insuffisants respiratoires chroniques, dans le cadre d'une prise en charge pluridisciplinaire.

Le service de neuro-psychiatrie a pour missions l'évaluation et la prise en charge des patients hospitalisés ou consultants à l'hôpital Pierre Wertheimer et souffrant de difficultés psychiatriques ou psychologiques en lien, ou antérieures, à leur maladie.

Le service est spécialisé dans la prise en charge des patients souffrant d’épilepsie et dans les explorations fonctionnelles du cerveau et de la moelle épinière via la réalisation d’électroencéphalogrammes et de potentiels évoqués. Il propose également une prise en charge des patients adultes présentant des troubles neurodéveloppementaux.