Le service de néphrologie-rhumatologie-dermatologie pédiatriques prend en charge un grand nombre de maladies rares ou communes, du diagnostic anténatal à la transition vers les services pour adultes à 18 ans.

Le service de transplantation, néphrologie et immunologie clinique de l’hôpital Edouard Herriot est un service dévolu à tous les aspects médicaux de la transplantation rénale et pancréatique. Il prend aussi en charge les patients greffés de tissus composites aux HCL.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le service de néphrologie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge l'ensemble des maladies rénales, du dépistage à leur prise en charge spécifique.

Le service traite l’ensemble des affections des reins et les affections associées à la maladie rénale chronique. Il assure l’information et la préparation aux traitements de suppléance rénale, ainsi que les traitements par dialyse et le suivi des patients greffés de rein.

Le service de médecine interne prend en charge, de façon globale et à but diagnostic, des patients adultes qui présentent des symptômes généraux non spécifiques (fièvre, altération de l’état général, amaigrissement, anomalie biologique …) et est centre de référence pour la mucoviscidose.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital Edouard Herriot est le service des urgences ophtalmologiques de Lyon et de sa région.

Le service de médecine interne de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients atteints de pathologies auto-immunes systémiques, de maladies vasculaires artérielles ou veineuses, fréquentes ou rares.