Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le service d’hémostase clinique est spécialisé dans le diagnostic et le suivi des pathologies hémorragiques et thrombotiques constitutionnelles et acquises.

Le service de néphrologie-rhumatologie-dermatologie pédiatriques prend en charge un grand nombre de maladies rares ou communes, du diagnostic anténatal à la transition vers les services pour adultes à 18 ans.

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le service de neurochirurgie fonctionnelle est un service pionnier dans les traitements des pathologies de la moelle et des nerfs. Il a ainsi mis ou point ou développé de nombreuses techniques chirurgicales.

Le service de transplantation, néphrologie et immunologie clinique de l’hôpital Edouard Herriot est un service dévolu à tous les aspects médicaux de la transplantation rénale et pancréatique. Il prend aussi en charge les patients greffés de tissus composites aux HCL.

Le service de neurochirurgie pédiatrique prend en charge toutes les pathologies du système nerveux central qui nécessitent une prise en charge chirurgicale. L’ensemble des interventions chirurgicales se déroule au bloc opératoire de l’HFME qui est dédié aux prises en charge pédiatriques.

Le service de néphrologie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge l'ensemble des maladies rénales, du dépistage à leur prise en charge spécifique.

En 2023, un nouveau service de prise en charge des pathologies neurochirurgicales du crâne a été créé. Il s’agit de la réunion des savoir-faire sur différentes thématiques : base du crâne, tumeurs cérébrales, malformations vasculaires, hydrocéphalie, etc.

Le cancer chez l’enfant est une maladie rare qui représente moins de 3 % de l’ensemble des cancers. Pour leur offrir la meilleure prise en charge par des experts reconnus dans des conditions optimales, les enfants sont soignés au sein d’un bâtiment spécialisé, l’Institut d’Hématologie et d’Oncologie Pédiatrique.

Le service d'hématologie clinique de l'hôpital Lyon Sud est un centre de référence pour les maladies du sang (onco-hématologie et hématologie générale). Les équipes médicales et paramédicales sont spécialisées dans la prise en charge des patients adultes atteints d’hémopathies lymphoïdes et myéloïdes.

Le service traite l’ensemble des affections des reins et les affections associées à la maladie rénale chronique. Il assure l’information et la préparation aux traitements de suppléance rénale, ainsi que les traitements par dialyse et le suivi des patients greffés de rein.