Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de référence des infections ostéoarticulaires complexes (CRIOAc) est composé d’équipes pluridisciplinaires expérimentées comportant des chirurgiens, des infectiologues, des microbiologistes, mais aussi des anesthésistes, pharmaciens, médecins rééducateurs, kinésithérapeutes, et psychologues dédiées à la prise en charge des infections ostéoarticulaires.

Le service d'insuffisance cardiaque propose une prise en charge experte et pluridisciplinaire intégrée dans un parcours de soin structuré et personnalisé qui s’articule autour de la collaboration entre différents professionnels : médecin traitant, médecin spécialiste, gériatre, kinésithérapeute, diététicienne… Un programme d’éducation thérapeutique accompagne chaque patient dans la co

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de chirurgie digestive de l’hôpital Edouard Herriot traite les pathologies du tube digestif dans son ensemble (chirurgie oeso-gastrique, chirurgie colorectale), l’obésité (chirurgie bariatrique), les pathologies du foie, des voies biliaires et du pancréas (chirurgie hépato biliaire et pancréatique), les tumeurs endocriniennes digestives (chirurgie endocrinienne), les hernies et évent

Les malades bénéficient des compétences de praticiens reconnus nationalement et internationalement et référents dans leur domaine ainsi que de la synergie avec les services d’exploration fonctionnelle respiratoire, d’imagerie, de chirurgie et d’anatomopathologie localisés sur le même site hospitalier.

Le service de chirurgie thoracique de l'hôpital Louis Pradel est un service de pointe spécialisé en transplantation pulmonaire, avec une expertise en greffe cœur poumon pour lequel il est l’un des deux centres reconnus en France. Il est le seul service de chirurgie thoracique des HCL et le seul dans le service public du département.

Le service de transplantation, néphrologie et immunologie clinique de l’hôpital Edouard Herriot est un service dévolu à tous les aspects médicaux de la transplantation rénale et pancréatique. Il prend aussi en charge les patients greffés de tissus composites aux HCL.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Le service des maladies infectieuses et tropicales est spécialisé dans le diagnostic et la prise en charge de toutes les pathologies infectieuses d’origine bactérienne, virale, fongique ou parasitaire, ainsi que les pathologies liées aux voyages (prévention et pathologies du retour).

Le cancer chez l’enfant est une maladie rare qui représente moins de 3 % de l’ensemble des cancers. Pour leur offrir la meilleure prise en charge par des experts reconnus dans des conditions optimales, les enfants sont soignés au sein d’un bâtiment spécialisé, l’Institut d’Hématologie et d’Oncologie Pédiatrique.

Le service rassemble toutes les compétences chirurgicales et anesthésiques concernant les chirurgies urologique, génitale, viscérale, thoracique, néonatale, oncologique et transplantations rénale et hépatique de l'enfant, ainsi que les urgences chirurgicales.

Le service de chirurgie digestive et de transplantation hépatique prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum) et de la sphère hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas). Il offre aux patients une prise en charge multi-disciplinaire (chirurgie, hépatologie, gastroentérologie, endoscopie, radiologie diagnostique et i

Le CeGIDD prend en charge le dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge médicale des IST et des partenaires d’une personne dépistée positive. La prise en charge des accidents d’expositions sexuelles au VIH, et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).