Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…)  par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.

Le cancer chez l’enfant est une maladie rare qui représente moins de 3 % de l’ensemble des cancers. Pour leur offrir la meilleure prise en charge par des experts reconnus dans des conditions optimales, les enfants sont soignés au sein d’un bâtiment spécialisé, l’Institut d’Hématologie et d’Oncologie Pédiatrique.

Le service d'hépato-gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies digestives et du foie ainsi que l'oncologie digestive (cancers de l’estomac, colorectal, foie, voies biliaires)

Le service d’hépato-gastroentérologie de l’hôpital Edouard Herriot est historiquement un service pionnier dans les spécialités embrassant l’ensemble de la discipline. Reconnu au niveau national et international pour la qualité de ses travaux, les médecins proposent une offre complète et d’excellence.

Le centre des polyposes digestives génétiques de l'adulte (PolDiGenA) est un centre d’expertise spécialisé dans la prise en charge des polyposes digestives de l’adulte liées à un terrain génétique. Il a été labellisé dans le cadre du Plan National Maladies Rares en décembre 2023.

Le service de chirurgie thoracique de l'hôpital Louis Pradel est un service de pointe spécialisé en transplantation pulmonaire, avec une expertise en greffe cœur poumon pour lequel il est l’un des deux centres reconnus en France. Il est le seul service de chirurgie thoracique des HCL et le seul dans le service public du département.

Le service de chirurgie maxillo-faciale de l’hôpital de la Croix Rousse traite les pathologies de la tête, de la face, du cou, et de la cavité buccale chez l'adulte et le grand enfant (à partir de 14 ans).
Il est organisé en deux unités fusionnées : l’unité de chirurgie maxillo-faciale et l’unité de chirurgie orale.

Le service d'hépatologie et gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service de référence permettant de prendre en charge l’ensemble des maladies du foie et leurs complications.

Le service de dermatologie de l'hôpital Lyon Sud traite les maladies cutanées graves incluant les mélanomes, les lymphomes cutanés, les autres cancers de la peau ainsi que les maladies inflammatoires sévères.

Le service prend en charge toutes les pathologies médicales aigues du sujet âgé et propose une offre de soins variée et adaptée aux spécificités de la personne âgée.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.