Le centre de référence des angiœdèmes à kinines (CREAK) prend en charge les patients atteints d'angiœdèmes bradykiniques.

L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.

Le service de chirurgie orthopédique et urgences traumatologiques de l’hôpital Edouard Herriot prend en charge les affections dégénératives (arthrose), les affections liées à la pathologie sportive, les séquelles de traumatisme (chirurgie reconstructrice secondaire) et les pathologies infectieuses et tumorales osseuses des membres inférieurs.

Le service de chirurgie d’urgence et de chirurgie générale de l’hôpital Edouard Herriot accueille les patients relevant d’une prise en charge chirurgicale urgente au bloc opératoire ou justifiant d’une surveillance à proximité immédiate d’un bloc opératoire fonctionnant 24h/24, 7j/7.

Le service d'ORL pédiatrique de l'hôpital femme-mère-enfant prend en charge toutes les pathologies oto-rhino-laryngologiques de la face et du cou, ainsi que les surdités de tous types de l'enfant.

Le service d'ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l'hôpital Edouard Herriot comporte plusieurs axes de sur-spécialisation en termes de traitement, de recherche et d'enseignement : la chirurgie de l'oreille sourde ou malformée, la chirurgie fonctionnelle et esthétique de la face et plus spécialement du nez, la chirurgie de la face paralysée, la chirurgie endoscopique mi

Le service d’exploration fonctionnelle respiratoire – médecine du sport et de l’activité physique est un service avec une activité de consultation et d’évaluation des pathologies respiratoires et liées à l’activité physique, de suivi de sportifs de haut niveau, et de réentrainement à l’effort dans le cadre de pathologies chroniques ou chez les sujets sédentaires.

Le service de chirurgie orthopédique de l'hôpital Renée Sabran (Var) est spécialisé en chirurgie articulaire, osseuse et ligamentaire du membre inférieur (hanche, genou, pied). 

Le service de chirurgie orthopédique et médecine du sport de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport et de l’arthrose avec trois pôles d’intérêt que sont le genou, la hanche et l’épaule.

Le service de chirurgie plastique esthétique et reconstructrice de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge différents types de pathologie :

Le service de chirurgie digestive et oncologique de l’hôpital Lyon Sud prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum, péritoine) et hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas).

Le service universitaire de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital Edouard Herriot est le service référent des Hospices Civils de Lyon dans la prise en charge de toutes les pathologies de la main (SOS main), du poignet, du coude et de l'épaule d’origines traumatiques ou non, aigües ou chroniques.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.