Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de médecine hyperbare (CMH), seul centre de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, assure les indications médicales de l’oxygénothérapie hyperbare.

Le service de médecine nucléaire réalise des examens d'imagerie utilisant des radiopharmaceutiques (molécules marquées par un isotope radioactif) à des fins diagnostiques (imagerie) ou thérapeutiques. Ces molécules tracent une fonction physiologique (cœur, rein, poumon,..) ou une pathologie (par ex oncologique) sans interférer avec le métabolisme observé, d'où leur nom de traceurs. 

Située à l'hôpital Femme Mère Enfant, la biberonnerie est une unité dédiée à la fabrication des nutritions infantiles lactées pour l’ensemble des nouveau-nés, nourrissons et enfants hospitalisés des HCL.

Le service d’imagerie de l’hôpital Lyon Sud est un service polyvalent très actif, centré sur l’oncologie, le dépistage, le diagnostic et l’imagerie interventionnelle.

Le service d’imagerie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service polyvalent très actif (plus de 82 000 actes par an dont 27 000 médicalisés), centré sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle.

Le service d'imagerie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients hospitalisés et les patients de la médecine de ville.

Le service de chirurgie vasculaire et endovasculaire du Pr Millon prend en charge toutes les pathologies touchant le système de circulation du sang (veines et artères). L’équipe chirurgicale forte de 11 chirurgiens assure toute l’année, 24/24h, la continuité des soins des patients.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse accueille les bébés prématurés et les nouveau-nés nécessitant des soins spécifiques. Il est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (à partir de 23 semaines d’aménorrhée).

L’unité d’imagerie de l’hôpital Louis Pradel comporte un plateau médicotechnique spécialisé pour la prise en charge des activités d’imagerie liées à la cardiologie adulte et pédiatrique, à la pneumologie et à l’oncologie thoracique et à l'endocrinologie.

Le service d’Imagerie de l’hôpital Pierre Wertheimer comprend un plateau médicotechnique spécialisé pour la prise en charge des activités d’imagerie liée à la neurologie adulte (neuroradiologie diagnostique et interventionnelle).
Il se compose d'une unité d'imagerie Neuro-Diagnostique et d'une unité  d'imagerie Neuro-Interventionnelle.

Le service d‘imagerie de l'hôpital Femme Mère Enfant est un service spécialisé dans l'imagerie pédiatrique et fœtale ainsi que dans l'imagerie de la femme.

Le service de néonatologie de l’hôpital Femme Mère Enfant accueille les nouveau-nés prématurés ou à terme nécessitant des soins médicaux, chirurgicaux ou liés à une malformation. Ce service se positionne comme un centre de référence pour de nombreuses pathologies.

Le plateau technique d’imagerie de l’hôpital Renée Sabran assure radiographies, échographies et échographies dopplers.