Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.

L'offre de soins en uro-gynécologie (traitement de l’incontinence urinaire et du prolapsus) est réalisée en collaboration entre urologues et gynécologues, grâce à un plateau technique multidisciplinaire adapté à la réalisation de bilans urodynamiques.

La maternité de l'hôpital de la Croix-Rousse dispose d’une équipe pluridisciplinaire de diagnostic prénatal. Le diagnostic anténatal vise à confirmer ou non la présence d’une pathologie pouvant avoir un impact sur la santé du bébé et sa prise en charge.

La maternité de type 2B, avec son Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal (CPDPN) et en collaboration directe avec le service de soins intensifs et néonatalogie, assure le suivi et l'accouchement des grossesses simples ou compliquées et accueille des enfants d'âge gestationnel supérieur à 29 semaines ou de poids de naissance supérieur à 1000 grammes.

Le service de néonatologie et de réanimation néonatale de l'HFME prend en charge des nouveau-nés qu'ils soient à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau Aurore qui regroupe un ensemble de maternités publiques et privées de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le service de neurochirurgie fonctionnelle est un service pionnier dans les traitements des pathologies de la moelle et des nerfs. Il a ainsi mis ou point ou développé de nombreuses techniques chirurgicales.

Le service de neurochirurgie pédiatrique prend en charge toutes les pathologies du système nerveux central qui nécessitent une prise en charge chirurgicale. L’ensemble des interventions chirurgicales se déroule au bloc opératoire de l’HFME qui est dédié aux prises en charge pédiatriques.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service de néonatologie de l’hôpital de la Croix-Rousse s’est spécialisé dans la prise en charge des enfants extrêmement prématurés (< 1000 g) et a développé le traitement par hypothermie thérapeutique chez les enfants à terme présentant une anoxo-ischémie périnatale sévère.

Le service de chirurgie gynécologique et cancérologique - obstétrique de l'hôpital Lyon Sud prend en charge toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou bénignes comme l'endométriose notamment. La maternité de type 2B avec son Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal (CPDPN) et en collaboration directe avec le service de soins int

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital Femme Mère Enfant assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.       

En 2023, un nouveau service de prise en charge des pathologies neurochirurgicales du crâne a été créé. Il s’agit de la réunion des savoir-faire sur différentes thématiques : base du crâne, tumeurs cérébrales, malformations vasculaires, hydrocéphalie, etc.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.