Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.

Le centre de référence pour les épilepsies rares réunit les équipes d’épileptologie pour enfants, pour adultes, la neuropédiatrie, la génétique et la neurochirurgie des épilepsies.

Situé au 1^er étage des bâtiments I et H, le Centre de l’Insuffisance Respiratoire (CIR), assure la prise en charge des patients souffrants d’insuffisance respiratoire chronique, de toute nature, aussi bien obstructive que restrictive ou mixte.

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le centre du diabète DIAB-eCARE est un service des Hospices Civils de Lyon « hors les murs de l’hôpital ». Il s’agit d’une unité de soins ambulatoires dédiée aux adolescents et aux adultes porteurs d'un diabète et spécialisée dans le diabète de type 1.

Les malades bénéficient des compétences de praticiens reconnus nationalement et internationalement et référents dans leur domaine ainsi que de la synergie avec les services d’exploration fonctionnelle respiratoire, d’imagerie, de chirurgie et d’anatomopathologie localisés sur le même site hospitalier.

Le service de pneumo-allergologie pédiatrique prend en charge des enfants souffrant de maladies respiratoires et allergiques courantes (asthme, allergies respiratoires et alimentaires, médicamenteuses)

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.

Le service est spécialisé dans la prise en charge des patients souffrant d’épilepsie et dans les explorations fonctionnelles du cerveau et de la moelle épinière via la réalisation d’électroencéphalogrammes et de potentiels évoqués. Il propose également une prise en charge des patients adultes présentant des troubles neurodéveloppementaux.

Le service d'epileptologie clinique, des troubles du sommeil et de neurologie fonctionnelle de l'enfant offre une expertise clinique de renommée internationale et réalise toutes les investigations neurophysiologiques grâce à une technologie de pointe et des compétences médicales d’excellence.

Le service des maladies respiratoires accueille des patients atteints de mucoviscidose et des patients insuffisants respiratoires chroniques, dans le cadre d'une prise en charge pluridisciplinaire.

La mission du centre de référence des maladies neuromusculaires PACA - Réunion - Rhône Alpes a pour mission d'améliorer le diagnostic et la prise en soins des enfants et adultes atteints de maladies neuromusculaires.

Le Centre Intégré de l'Obésité (CIO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 5 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service d’électroneuromyographie et de pathologies neuromusculaires a trois activités principales.