Le centre de référence des angiœdèmes à kinines (CREAK) prend en charge les patients atteints d'angiœdèmes bradykiniques.

La plate-forme mouvement et handicap est constituée de deux laboratoires localisés au sein des centres hospitaliers Sud et Est. Son objectif est d'explorer la fonction sensori-motrice et l'organisation de l’action.
Elle permet de réaliser des examens de la motricité des membres inférieurs, des membres supérieurs, de la motricité oculaire et de la posture dans diverses situations.

Le service de médecine physique et de réadaptation neurologique accueille, sur le site de l’hôpital Henry Gabrielle, des patients ayant un handicap neurologique.

Le service de chirurgie orthopédique et urgences traumatologiques de l’hôpital Edouard Herriot prend en charge les affections dégénératives (arthrose), les affections liées à la pathologie sportive, les séquelles de traumatisme (chirurgie reconstructrice secondaire) et les pathologies infectieuses et tumorales osseuses des membres inférieurs.

Le centre du diabète DIAB-eCARE est un service des Hospices Civils de Lyon « hors les murs de l’hôpital ». Il s’agit d’une unité de soins ambulatoires dédiée aux adolescents et aux adultes porteurs d'un diabète et spécialisée dans le diabète de type 1.

Le service d’exploration fonctionnelle respiratoire – médecine du sport et de l’activité physique est un service avec une activité de consultation et d’évaluation des pathologies respiratoires et liées à l’activité physique, de suivi de sportifs de haut niveau, et de réentrainement à l’effort dans le cadre de pathologies chroniques ou chez les sujets sédentaires.

Le service de chirurgie orthopédique et médecine du sport de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport et de l’arthrose avec trois pôles d’intérêt que sont le genou, la hanche et l’épaule.

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.

Le service accueille des patients atteints d’un handicap neurologique à l’issue d’une affection aigüe pour bénéficier de programmes de rééducation intensifs ou à distance pour la réalisation d’un bilan d’évaluation ou la reprise d’une rééducation pour maintenir le niveau d’autonomie. Ces programmes sont assurés par une équipe pluri-professionnelle et bénéf

Le service de médecine physique et réadaptation prend en charge des patients atteints d'affections neurologiques ou du système locomoteur. Pour leur rééducation initiale mais aussi pour leur suivi au long cours en cas d'affections chroniques.

Le service de chirurgie orthopédique de l'hôpital Renée Sabran (Var) est spécialisé en chirurgie articulaire, osseuse et ligamentaire du membre inférieur (hanche, genou, pied). 

L’Escale est le service de médecine physique et réadaptation pédiatrique des HCL.

La mission du centre de référence des maladies neuromusculaires PACA - Réunion - Rhône Alpes a pour mission d'améliorer le diagnostic et la prise en soins des enfants et adultes atteints de maladies neuromusculaires.

Le Centre Intégré de l'Obésité (CIO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 5 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.