Le Centre régional de pathologie professionnelle et environnementale rassemble 4 unités situées au sein des CHU de Lyon, Grenoble, Saint Etienne et Clermont-Ferrand. Il assure, sur chacun des sites, une expertise sur les champs de la santé au travail et de la santé en lien avec l’environnement.

Dans le cadre du plan maladies neurodégénératives 2014-2019, le service de neurologie - sclérose en plaques, pathologies de la myéline et neuro-inflammation de l'hôpital Pierre Wertheimer a été labellisé Centre de Recherche, Ressources et Compétences Sclérose En Plaques (C2RC SEP) en 2018.

Le centre expert Parkinson de Lyon assure la prise en charge à tous les stades et pour tous les traitements (médicamenteux, pompes, chirurgies) des patients parkinsoniens de la région Auvergne Rhône-Alpes et au-delà.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.

Le Centre mémoire ressource recherche (CMRR) organise les quatre consultations « mémoire » du CHU, structure le parcours de soins pour le diagnostic, la prise en soins en collaboration avec les médecins de ville.

Les syndromes neurologiques paranéoplasiques (SNP) et les encéphalites autoimmunes (EA) sont des maladies rares.

Le centre de référence est labellisé pour l’expertise et la prise en charge des maladies inflammatoires rares du cerveau et de la moelle (MIRCEM).

Le centre d’évaluation et de traitement de la douleur prend en charge les douleurs chroniques réfractaires aux traitements habituels pouvant être proposés dans d’autres centres. 

Deuxième centre adulte (hors transplantation), il développe notamment des projets autour des comorbidités tardives de l’adulte. Il est labellisé centre du réseau Européen de référence (ERN Lung- Mucoviscidose).

Au sein de l’hôpital neurologique Pierre Wertheimer qui regroupe les équipes et expertises les plus en pointe en matière de neurologie et neurochirurgie, le service prend en charge l’ensemble des pathologies du rachis et de la moelle épinière de l'adulte.

Le service d’urologie prend en charge les pathologies nécessitant un traitement chirurgical des reins, des uretères, de la vessie, de la prostate, de la verge ou des testicules. Les urologues de Lyon Sud assurent également le bilan diagnostic et le traitement chirurgical des prolapsus génitaux de la femme.

L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.

Le service de chirurgie maxillo-faciale traite les pathologies de la tête, de la face, du cou, et de la cavité buccale chez l'adulte et le grand enfant (à partir de 12 ans).
Il est organisé en trois unités complémentaires:

Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…)  par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prends en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Le service traite l’ensemble des affections des reins et les affections associées à la maladie rénale chronique. Il assure l’information et la préparation aux traitements de suppléance rénale, ainsi que les traitements par dialyse et le suivi des patients greffés de rein.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le centre référent pour l’anorexie et les troubles du comportement alimentaire de Lyon a été mis en place en janvier 2016 par l’ARS Rhône-Alpes, afin d’améliorer la prise en charge et le parcours de soin des patients adultes et mineurs présentant un trouble du comportement alimentaire.

Le service de neurologie vasculaire est dédié à la prise en charge, en urgence, des accidents vasculaires cérébraux (AVC) et des accidents ischémiques transitoires (AIT).

Le service de neuro-oncologie s’intéresse à la prise en charge des tumeurs cérébrales et aux complications neurologiques des cancers systémiques. Il est également Centre de référence national des syndromes neurologiques paranéoplasiques et des encéphalites auto-immunes.

Le service de neurologie fonctionnelle et d’épileptologie est spécialisé dans la prise en charge des patients souffrant d’épilepsie et dans les explorations fonctionnelles du cerveau et de la moelle épinière via la réalisation d’électroencéphalogrammes et de potentiels évoqués.

Le service réunit les expertises relatives à deux spécialités : la prise en charge des troubles neurocognitifs et les troubles de la vision d’origine neurologique.

Le service de neurologie - troubles du mouvement et des pathologies musculaires s’investit particulièrement dans certaines surspécialités de la neurologie : maladie de Parkinson et mouvements anormaux d’une part ; SLA (Sclérose Latérale Amyotrophique ou maladie de Charcot) et pathologies neuromusculaires d’autre part.

Le service est spécialisé dans la prise en charge de la sclérose en plaques (SEP) et des pathologies inflammatoires et démyélinisantes du système nerveux central (neuro-opticomyélite de Devic, leucodystrophies), y compris chez l'enfant.

Le service de neurochirurgie fonctionnelle est un service pionnier dans les traitements des pathologies de la moelle et des nerfs. Il a ainsi mis ou point ou développé de nombreuses techniques chirurgicales.

Le service d’électroneuromyographie et de pathologies neuromusculaires a trois activités principales.