Le service de médecine interne assure la prise en charge des patients présentant des pathologies complexes, multisystémiques ou de diagnostic difficile.

Le service de médecine interne de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients atteints de pathologies auto-immunes systémiques, de maladies vasculaires artérielles ou veineuses, fréquentes ou rares.

Le service est dédié à la prise en charge de pathologies digestives et hépatiques de l’enfant, d’un caractère chronique et grave.

Le centre spécialisé de l'obésité (CSO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 40 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant sur son territ

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.

Le service d'hépato-gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies digestives et du foie ainsi que l'oncologie digestive (cancers de l’estomac, colorectal, foie, voies biliaires)

Le service d’hépato-gastroentérologie de l’hôpital Edouard Herriot est historiquement un service pionnier dans les spécialités embrassant l’ensemble de la discipline. Reconnu au niveau national et international pour la qualité de ses travaux, les médecins proposent une offre complète et d’excellence.

Le service d'explorations fonctionnelles digestives de l'hôpital Edouard Herriot propose des consultations spécialisées pour l'exploration et la prise en charge des troubles du fonctionnement de l’appareil digestif.

Le centre des déficiences intellectuelles et polyhandicaps de causes rares a pour mission d'améliorer la prise en charge des enfants et adultes atteints de polyhandicap et de promouvoir la formation et la recherche dans ce domaine.

Le centre des polyposes digestives génétiques de l'adulte (PolDiGenA) est un centre d’expertise spécialisé dans la prise en charge des polyposes digestives de l’adulte liées à un terrain génétique. Il a été labellisé dans le cadre du Plan National Maladies Rares en décembre 2023.

Le Hub Prévention de l’hôpital Louis Pradel propose un accompagnement personnalisé pour réduire durablement les risques cardiovasculaires et métaboliques, et améliorer la santé.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le service d'hépatologie et gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service de référence permettant de prendre en charge l’ensemble des maladies du foie et leurs complications.

Le centre du diabète DIAB-eCARE est dédié aux adolescents et aux adultes porteurs d'un diabète et est spécialisé dans le diabète de type 1.