Le service de soins dentaires et d'odontologie hospitalière prend en charge les patients atteints de pathologies bucco-dentaires. Pour les soins courants, les patients sont pris en charge par des résidents et des apprenants sous la supervision de chirurgiens-dentistes enseignants hospitalo-universitaires.
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Le service d’anesthésie-réanimation de l'hôpital Lyon Sud participe au service public de soins en hospitalisation programmée, en ambulatoire (le patient est hospitalisé le matin et sort le soir même après sa chirurgie), en urgence.
Le service de chirurgie orthopédique et traumatologie de l'hôpital Lyon Sud traite les pathologies de l'appareil locomoteur des membres inférieurs (hanche, genou, cheville, pied) et supérieurs (épaule, coude, poignet et main).
Le service de chirurgie digestive et oncologique de l’hôpital Lyon Sud prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum, péritoine) et hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas).
Le service de dermatologie de l'hôpital Lyon Sud traite les maladies de la peau incluant les affections courantes et les maladies rares. La présence d’un secteur d’hospitalisation complète permet de prendre en charge les maladies cutanées étendues ou sévères.
Le service d'Endocrinologie-Diabète-Nutrition est spécialisée dans la prise en charge du diabète, des complications sévères du diabète, du diabète gestationnel mais également dans la prise en charge de l’obésité, des pathologies thyroïdiennes, insuffisances surrénaliennees et pathologies hypophysaires.
Le service de gynécologie-obstétrique de l'hôpital Lyon Sud prend en charge toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non.
Le service d'hématologie de l'hôpital Lyon Sud est un centre de référence pour les maladies du sang (onco-hématologie, hématologie générale) spécialisé dans les hémopathies lymphoïdes et dans les pathologies myéloïdes et l'allogreffe.
Le service d’hépato-gastroentérologie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge l'ensemble des maladies du tube digestif, du foie, des voies biliaires, du pancréas, de l'anus et tous les cancers digestifs.
Le service d’imagerie de l'hôpital Lyon Sud est un service polyvalent très actif (plus de 117 000 actes par an dont 45 000 médicalisés), centré sur l’oncologie, le dépistage, le diagnostic et l’imagerie interventionnelle.