Le service est composé de plusieurs entités qui permettent de prendre en charge les personnes âgées nécessitant des soins aigus mais également de rééducation suite à une intervention chirurgicale ou un traitement médical ou encore un hébergement médicalisé si le retour à domicile s’avère impossible.

Le service des maladies infectieuses et tropicales est spécialisé dans le diagnostic et la prise en charge de toutes les pathologies infectieuses d’origine bactérienne, virale, fongique ou parasitaire, ainsi que les pathologies liées aux voyages (prévention et pathologies du retour).

Le service d’imagerie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service polyvalent très actif (plus de 82 000 actes par an dont 27 000 médicalisés), centré sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle.

Le service d'hépato-gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies digestives et du foie ainsi que l'oncologie digestive (cancers de l’estomac, colorectal, foie, voies biliaires)

Le service d’exploration fonctionnelle respiratoire – médecine du sport et de l’activité physique est un service avec une activité de consultation et d’évaluation des pathologies respiratoires et liées à l’activité physique, de suivi de sportifs de haut niveau, et de réentrainement à l’effort dans le cadre de pathologies chroniques ou chez les sujets sédentaires.

Le service de chirurgie orthopédique et médecine du sport de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport et de l’arthrose avec trois pôles d’intérêt que sont le genou, la hanche et l’épaule.

Le service de chirurgie plastique esthétique et reconstructrice de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge différents types de pathologie :

Le centre référent pour l’anorexie et les troubles du comportement alimentaire de Lyon a été mis en place en janvier 2016 par l’ARS Rhône-Alpes, afin d’améliorer la prise en charge et le parcours de soin des patients adultes et mineurs présentant un trouble du comportement alimentaire.

Le service de chirurgie digestive et de transplantation hépatique prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum) et de la sphère hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas). Il offre aux patients une prise en charge multi-disciplinaire (chirurgie, hépatologie, gastroentérologie, endoscopie, radiologie diagnostique et i

Le service de neurologie vasculaire est dédié à la prise en charge, en urgence, des accidents vasculaires cérébraux (AVC) et des accidents ischémiques transitoires (AIT).

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).

Le service de neuro-psychiatrie a pour missions l'évaluation et la prise en charge des patients hospitalisés ou consultants à l'hôpital Pierre Wertheimer et souffrant de difficultés psychiatriques ou psychologiques en lien, ou antérieures, à leur maladie.

Le centre expert Parkinson de Lyon assure la prise en charge à tous les stades et pour tous les traitements (médicamenteux, pompes, chirurgies) des patients parkinsoniens de la région Auvergne Rhône-Alpes et au-delà.

Le service de neuro-oncologie s’intéresse à la prise en charge des tumeurs cérébrales et aux complications neurologiques des cancers systémiques. Il est également Centre de référence national des syndromes neurologiques paranéoplasiques et des encéphalites auto-immunes.

Les syndromes neurologiques paranéoplasiques (SNP) et les encéphalites autoimmunes (EA) sont des maladies rares.

Le service de chirurgie maxillo-faciale de l’hôpital de la Croix Rousse traite les pathologies de la tête, de la face, du cou, et de la cavité buccale chez l'adulte et le grand enfant (à partir de 14 ans).
Il est organisé en deux unités fusionnées : l’unité de chirurgie maxillo-faciale et l’unité de chirurgie orale.

En 2023, un nouveau service de prise en charge des pathologies neurochirurgicales du crâne a été créé. Il s’agit de la réunion des savoir-faire sur différentes thématiques : base du crâne, tumeurs cérébrales, malformations vasculaires, hydrocéphalie, etc.

La consultation spécialisée de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les pathologies du sport, traumatique et dégénérative de la main, du coude et de l'épaule.

Le service est spécialisé dans la prise en charge des patients souffrant d’épilepsie et dans les explorations fonctionnelles du cerveau et de la moelle épinière via la réalisation d’électroencéphalogrammes et de potentiels évoqués. Il propose également une prise en charge des patients adultes présentant des troubles neurodéveloppementaux.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non. 

Le service d'hépatologie et gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service de référence permettant de prendre en charge l’ensemble des maladies du foie et leurs complications.

Le service de médecine du sommeil et des maladies respiratoires est un service pluridisciplinaire dédié aux explorations et à la prise en charge de l’ensemble des troubles du sommeil de l’adulte.