Le CERA est un centre expert en cardiogénétique de niveau national et européen. Il assure la prise en charge génétique et rythmologique des patients adultes et enfants (et de leurs proches) porteurs de maladies cardiaques héréditaires (troubles du rythme cardiaques héréditaires et cardiomyopathies) ainsi que des missions de recherche et d’enseignement centrées sur ces affections.

Le Centre régional de pathologie professionnelle et environnementale rassemble 4 unités situées au sein des CHU de Lyon, Grenoble, Saint Etienne et Clermont-Ferrand. Il assure, sur chacun des sites, une expertise sur les champs de la santé au travail et de la santé en lien avec l’environnement.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.

Deuxième centre adulte (hors transplantation), il développe notamment des projets autour des comorbidités tardives de l’adulte. Il est labellisé centre du réseau Européen de référence (ERN Lung- Mucoviscidose).

La plate-forme mouvement et handicap est constituée de deux laboratoires localisés au sein des centres hospitaliers Sud et Est. Son objectif est d'explorer la fonction sensori-motrice et l'organisation de l’action.
Elle permet de réaliser des examens de la motricité des membres inférieurs, des membres supérieurs, de la motricité oculaire et de la posture dans diverses situations.

Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.

Le service d’urologie prend en charge les pathologies nécessitant un traitement chirurgical des reins, des uretères, de la vessie, de la prostate, de la verge ou des testicules. Les urologues de Lyon Sud assurent également le bilan diagnostic et le traitement chirurgical des prolapsus génitaux de la femme.

L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.

Le service de chirurgie maxillo-faciale traite les pathologies de la tête, de la face, du cou, et de la cavité buccale chez l'adulte et le grand enfant (à partir de 12 ans).
Il est organisé en trois unités complémentaires:

Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…)  par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prends en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Le service traite l’ensemble des affections des reins et les affections associées à la maladie rénale chronique. Il assure l’information et la préparation aux traitements de suppléance rénale, ainsi que les traitements par dialyse et le suivi des patients greffés de rein.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

Le service accueille des patients atteints d’un handicap neurologique à l’issue d’une affection aigüe pour bénéficier de programmes de rééducation intensifs ou à distance pour la réalisation d’un bilan d’évaluation ou la reprise d’une rééducation pour maintenir le niveau d’autonomie. Ces programmes sont assurés par une équipe pluri-professionnelle et bénéf

Le service de médecine physique et de réadaptation neurologique accueille, sur le site de l’hôpital Henry Gabrielle, des patients ayant un handicap neurologique.

Notre équipe assure la prise en charge des troubles du rythme cardiaque depuis la prévention et le diagnostic jusqu’au traitement.

Les malades bénéficient des compétences de praticiens reconnus nationalement et internationalement et référents dans leur domaine ainsi que de la synergie avec les services d’exploration fonctionnelle respiratoire, d’imagerie, de chirurgie et d’anatomopathologie localisés sur le même site hospitalier.

Le plateau d’urgences cardiologiques reçoit tout patient atteint d'une pathologie cardiaque ou vasculaire, qui requiert des soins urgents spécialisés.

Le service de chirurgie thoracique de l'hôpital Louis Pradel est un service de pointe spécialisé en transplantation pulmonaire, avec une expertise en greffe cœur poumon pour lequel il est l’un des deux centres reconnus en France. Il est le seul service de chirurgie thoracique des HCL et le seul dans le service public du département.

Centre de référence du bassin sud de la métropole lyonnaise, le service de gériatrie remplit une triple mission de soins auprès des personnes âgées, d'enseignement et de recherche.

Le service de chirurgie digestive et oncologique de l’hôpital Lyon Sud prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum, péritoine) et hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas).

Le service de médecine interne prend en charge, de façon globale et à but diagnostic, des patients adultes qui présentent des symptômes généraux non spécifiques (fièvre, altération de l’état général, amaigrissement, anomalie biologique …) et est centre de référence pour la mucoviscidose.

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille.