Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.

Le centre de médecine hyperbare (CMH), seul centre de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, assure les indications médicales de l’oxygénothérapie hyperbare.

La mission du centre de référence des maladies neuromusculaires PACA - Réunion - Rhône Alpes a pour mission d'améliorer le diagnostic et la prise en soins des enfants et adultes atteints de maladies neuromusculaires.

Situé au 1^er étage des bâtiments I et H, le Centre de l’Insuffisance Respiratoire (CIR), assure la prise en charge des patients souffrants d’insuffisance respiratoire chronique, de toute nature, aussi bien obstructive que restrictive ou mixte.

La plate-forme mouvement et handicap est constituée de deux laboratoires localisés au sein des centres hospitaliers Sud et Est. Son objectif est d'explorer la fonction sensori-motrice et l'organisation de l’action.
Elle permet de réaliser des examens de la motricité des membres inférieurs, des membres supérieurs, de la motricité oculaire et de la posture dans diverses situations.

Le service d’accueil des urgences de l’hôpital Lyon Sud accueille les patients de plus de 18 ans se présentant spontanément, adressés par un médecin libéral ou par le centre 15. Il assure une prise en charge des pathologies aigues médicales, chirurgicales ou traumatologiques 24/24h et 7/7 jours. Il peut accueillir environ 40 000 patients/an.  

L’activité d’urgence psychiatrique est organisée afin de répondre au mieux aux situations d’urgences (état d’agitation, troubles psychotiques, décompensation d’une pathologie psychiatrique, crises suicidaires …), pour permettre une prise en charge initiale, une orientation adéquate et/ou un traitement de courte durée des situations de crises au sein de l’unité d’hospitalisation.

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le service de médecine physique et de réadaptation neurologique accueille, sur le site de l’hôpital Henry Gabrielle, des patients ayant un handicap neurologique.

Les malades bénéficient des compétences de praticiens reconnus nationalement et internationalement et référents dans leur domaine ainsi que de la synergie avec les services d’exploration fonctionnelle respiratoire, d’imagerie, de chirurgie et d’anatomopathologie localisés sur le même site hospitalier.

Le service de pneumo-allergologie pédiatrique prend en charge des enfants souffrant de maladies respiratoires et allergiques courantes (asthme, allergies respiratoires et alimentaires, médicamenteuses)

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prends en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

L’Escale est le service de médecine physique et réadaptation pédiatrique des HCL.

Le service de médecine physique et réadaptation prend en charge des patients atteints d'affections neurologiques ou du système locomoteur. Pour leur rééducation initiale mais aussi pour leur suivi au long cours en cas d'affections chroniques.

Le service des maladies respiratoires accueille des patients atteints de mucoviscidose et des patients insuffisants respiratoires chroniques, dans le cadre d'une prise en charge pluridisciplinaire.

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).

Le service accueille des patients atteints d’un handicap neurologique à l’issue d’une affection aigüe pour bénéficier de programmes de rééducation intensifs ou à distance pour la réalisation d’un bilan d’évaluation ou la reprise d’une rééducation pour maintenir le niveau d’autonomie. Ces programmes sont assurés par une équipe pluri-professionnelle et bénéf