Le centre spécialisé de l'obésité (CSO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 40 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant sur son territ

Deuxième centre adulte (hors transplantation), il développe notamment des projets autour des comorbidités tardives de l’adulte. Il est labellisé centre du réseau Européen de référence (ERN Lung- Mucoviscidose).

L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.

Le service de chirurgie maxillo-faciale traite les pathologies de la tête, de la face, du cou, et de la cavité buccale chez l'adulte et le grand enfant (à partir de 12 ans).
Il est organisé en trois unités complémentaires:

Le service d’oncologie radiothérapie des HCL assure la prise en charge de l’ensemble des pathologies cancéreuses de l’adulte et de certaines pathologies bénignes (neurinome, méningiome,…)  par radiothérapie externe et curiethérapie sur deux centres.

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service de neurologie clinique et fonctionnelle de l'hôpital Lyon Sud propose, sur adressage d’un médecin : des consultations de neurologie, des actes de neurophysiologie clinique ambulatoires, une hospitalisation de jour.

Le service traite l’ensemble des affections des reins et les affections associées à la maladie rénale chronique. Il assure l’information et la préparation aux traitements de suppléance rénale, ainsi que les traitements par dialyse et le suivi des patients greffés de rein.

Le service de soins intensifs et néonatalogie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des nouveau-nés, à terme ou prématurés, et ce dans le cadre du réseau périnatal Aurore qui réunit plusieurs maternités de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

La consultation ophtalmologique de l'hôpital Lyon Sud prend en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires ainsi que l’enfant, du nouveau-né à l’adolescent souffrant de pathologies ophtalmologiques réfractives.

Le Centre régional de pathologie professionnelle et environnementale rassemble 4 unités situées au sein des CHU de Lyon, Grenoble, Saint Etienne et Clermont-Ferrand. Il assure, sur chacun des sites, une expertise sur les champs de la santé au travail et de la santé en lien avec l’environnement.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.

La maternité de type 2B, avec son Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal (CPDPN) et en collaboration directe avec le service de soins intensifs et néonatalogie, assure le suivi et l'accouchement des grossesses simples ou compliquées et accueille des enfants d'âge gestationnel supérieur à 29 semaines ou de poids de naissance supérieur à 1000 grammes.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le service d’anesthésie-réanimation de l'hôpital Lyon Sud participe au service public de soins en hospitalisation programmée, en ambulatoire (le patient est hospitalisé le matin et sort le soir même après sa chirurgie), en urgence.

Le service d’oncologie médicale coordonne la prise en charge des traitements médicamenteux des patients adultes atteints de cancers. Sur le site de l'hôpital Lyon Sud, le service organise la prise en charge des chimiothérapies, des thérapies ciblées et des traitements par immunothérapie de tous les types de cancers.

Le service d’hépato-gastro-entérologie et assistance nutritionnelle de l'hôpital Lyon Sud prend en charge l’ensemble des maladies du tube digestif, du foie, des voies biliaires, du pancréas, de l'anus et tous les cancers digestifs ; les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), avec une expertise reconnue en France ; les maladies dysimmunitaires du tube digestif, et plus globalem

Le service d’urologie prend en charge les pathologies nécessitant un traitement chirurgical des reins, des uretères, de la vessie, de la prostate, de la verge ou des testicules. Les urologues de Lyon Sud assurent également le bilan diagnostic et le traitement chirurgical des prolapsus génitaux de la femme.

Le service de médecine palliative accueille les patients atteints de cancer, de polypathologie ou d’insuffisance d’organes afin d’améliorer leur qualité de vie et celle de leurs aidants, grâce à une équipe interdisciplinaire organisée sur 2 sites : à l'hôpital Lyon Sud et à l'hôpital de la Croix-Rousse. 

Le service d’ORL assure la prise en charge diagnostique et le traitement médical ou chirurgical des affections touchant les oreilles, le nez, les sinus, le larynx, la gorge, la face, le cou. Cette prise en charge associe des praticiens ORL spécialisés dans certains domaines.

Le service de médecine interne assure la prise en charge des patients présentant des pathologies complexes, multisystémiques ou de diagnostic difficile.

Centre de référence du bassin sud de la métropole lyonnaise, le service de gériatrie remplit une triple mission de soins auprès des personnes âgées, d'enseignement et de recherche.

Le service d’imagerie de l’hôpital Lyon Sud est un service polyvalent très actif, centré sur l’oncologie, le dépistage, le diagnostic et l’imagerie interventionnelle.

Le service de chirurgie gynécologique et cancérologique - obstétrique de l'hôpital Lyon Sud prend en charge toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou bénignes comme l'endométriose notamment.

Le service de chirurgie digestive et oncologique de l’hôpital Lyon Sud prend en charge les maladies et les cancers du tube digestif (œsophage, estomac, colon, rectum, péritoine) et hépato-bilio-pancréatique (foie, vésicule biliaire, pancréas).

Le service de dermatologie de l'hôpital Lyon Sud traite les maladies cutanées graves incluant les mélanomes, les lymphomes cutanés, les autres cancers de la peau ainsi que les maladies inflammatoires sévères.