Le centre de référence des angiœdèmes à kinines (CREAK) prend en charge les patients atteints d'angiœdèmes bradykiniques.

La consultation de chirurgie cranio-maxillo-faciale et plastique pédiatrique de l’hôpital Femme Mère Enfant prend en charge toutes les pathologies de l’enfant atteignant le crâne, le visage, le cou ainsi que les pathologies cutanées du corps entier.

Le département médico-chirurgical de cardiologie congénitale, fœtale, pédiatrique et adulte assure la prise en charge médicale et chirurgicale des pathologies cardiaques congénitales chez l’adulte et l’enfant. Mais aussi l’assistance et la transplantation cardiaque pédiatrique et congénitale adulte. Le département s’appuie sur 7 unités fonctionnelles qui incluent diagnostic, gestes interventionnels, hospitalisations médico-chirugicale et ambulatoire. Plus de 2000 patients par an sont suivis.

Le service universitaire d’addictologie de Lyon regroupe les unités d’addictologie des HCL et du Centre Hospitalier Le Vinatier.

Le Centre Régional du Psychotraumatisme Auvergne-Rhône-Alpes (CRP) est un dispositif visant à faciliter la prise en charge des personnes souffrant d’un trouble de stress post-traumatique. Il a également pour missions de soutenir les acteurs du soin du psychotraumatisme dans la région, de diffuser des connaissances auprès des professionnels et de stimuler la recherche autour du psychotraumatisme.

Le service de psychiatrie de liaison adulte a pour missions l'évaluation, le soutien et l’orientation des patients hospitalisés et présentant un trouble psychiatrique intercurrent, soit préalable, soit secondaire aux troubles somatiques ou à leur traitement.

Le service prend en charge les patients adultes dont la situation relève de la chirurgie cardio-thoracique et vasculaire. Ses interventions concernent essentiellement des remplacements ou des réparations de valves cardiaques (aortiques, mitrales, tricuspides), la chirurgie des troubles du rythme (fibrillation auriculaire…), les pontages coronariens, la chirurgie des gros vaisseaux et des chirurgies moins fréquentes, telles que les tumeurs cardiaques. Le service assure également la prise en charge des urgences cardiovasculaires 24/24h.

Le centre expert Parkinson de Lyon assure la prise en charge à tous les stades et pour tous les traitements (médicamenteux, pompes, chirurgies) des patients parkinsoniens de la région Auvergne Rhône-Alpes et au-delà.

Sa mission : améliorer le diagnostic et la prise en charge des malades rares digestives de l’enfant et de l’adulte, optimiser le parcours de soin, organiser l’éducation thérapeutique et promouvoir la recherche pour ces maladies.

Sa mission : améliorer et optimaliser la prise en charge des adultes et des enfants souffrant de Maladie de Wilson et des autres maladies rares liées au cuivre. 

Sa mission : améliorer et optimaliser la prise en charge des patients souffrant de variations du développement génital.

Le centre de référence pour la maladie de Rendu-Osler a pour objectif d'améliorer et d'optimiser la prise en charge des patients atteints de la maladie de Rendu-Osler.

Dans le cadre du premier plan maladies rares, le centre de référence national des anomalies du développement et syndromes malformatifs de Lyon a été labellisé en 2007 au sein du service de génétique du CHU de Lyon. Il s'agit d'un centre multisites incluant les sites de Lyon (site coordonnateur), Grenoble, Saint-Etienne et Clermont-Ferrand.

Le centre de référence est labellisé pour l’expertise et la prise en charge des maladies inflammatoires rares du cerveau et de la moelle (MIRCEM).

Le centre d’évaluation et de traitement de la douleur prend en charge les douleurs chroniques réfractaires aux traitements habituels pouvant être proposés dans d’autres centres. 

Le centre constitutif CRMR HYPO de Lyon, coordonné par le Pr Gerald Raverot est un des 3 centres constitutifs du CRMR hypophysaire coordonné par le Pr Thierry BRUE à Marseille. Labélisé par le Ministère de la Santé en 2017, le centre a pour missions : la coordination, l’expertise, le recours, la recherche, l’enseignement et la formation dans le but d’améliorer et d’optimiser la prise en charge de ses patients.

Le centre de référence a été labellisé pour l’expertise et la prise en charge des craniosténoses et autres malformations craniofaciales.

Le centre de référence des maladies héréditaires du métabolisme prend en charge l’ensemble des maladies héréditaires du métabolisme (maladies génétiques touchant une voie métabolique de l’organisme) chez l’enfant et l’adulte.

Deuxième centre adulte (hors transplantation), il développe notamment des projets autour des comorbidités tardives de l’adulte. Il est labellisé centre du réseau Européen de référence (ERN Lung- Mucoviscidose).

Le centre du diabète DIAB-eCARE est dédié aux adolescents et aux adultes porteurs d'un diabète et est spécialisé dans le diabète de type 1.

Le CeGIDD prend en charge le dépistage du VIH, des hépatites et des infections sexuellement transmissibles (IST). Il assure des consultations de dépistage, la prise en charge médicale des IST et des partenaires d’une personne dépistée positive. La prise en charge des accidents d’expositions sexuelles au VIH, et la prise en charge de la prophylaxie pré-exposition du VIH (PrEP).

L'offre de soins en uro-gynécologie (traitement de l’incontinence urinaire et du prolapsus) est réalisée en collaboration entre urologues et gynécologues, grâce à un plateau technique multidisciplinaire adapté à la réalisation de bilans urodynamiques.

Le centre de référence pour les épilepsies rares réunit les équipes d’épileptologie pour enfants, pour adultes, la neuropédiatrie, la génétique et la neurochirurgie des épilepsies.

La maternité de type 2B, avec son Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal (CPDPN) et en collaboration directe avec le service de soins intensifs et néonatalogie, assure le suivi et l'accouchement des grossesses simples ou compliquées et accueille des enfants d'âge gestationnel supérieur à 29 semaines ou de poids de naissance supérieur à 1000 grammes. La maternité propose également un accompagnement spécifique dans le cadre de sa filière « Phylia » pour les couples souhaitant un accouchement physiologique dans un cadre hospitalier. La sécurité des mères est assurée dans le cadre du centre régional de recours des hémorragies obstétricales graves des HCL.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique. La rareté de cette affection fait qu’elle est souvent mal connue et nécessite la concertation de praticiens de diverses disciplines : gynécologues-obstétriciens, oncologues, radiologues, anatomopathologistes et biologistes.

Le Centre mémoire ressource recherche (CMRR) organise les quatre consultations « mémoire » du CHU, structure le parcours de soins pour le diagnostic, la prise en soins en collaboration avec les médecins de ville.

Le centre de médecine hyperbare (CMH), seul centre de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, assure les indications médicales de l’oxygénothérapie hyperbare.

Les syndromes neurologiques paranéoplasiques (SNP) et les encéphalites autoimmunes (EA) sont des maladies rares qui sont parfois associées à un cancer.