Le centre de référence des maladies pulmonaires rares (adulte) a été créé en novembre 2004. Sa thématique comporte une quinzaine de groupes de maladies pulmonaires rares.

La mission du centre de référence des maladies neuromusculaires PACA - Réunion - Rhône Alpes a pour mission d'améliorer le diagnostic et la prise en soins des enfants et adultes atteints de maladies neuromusculaires.

La plate-forme mouvement et handicap est constituée de deux laboratoires localisés au sein des centres hospitaliers Sud et Est. Son objectif est d'explorer la fonction sensori-motrice et l'organisation de l’action.
Elle permet de réaliser des examens de la motricité des membres inférieurs, des membres supérieurs, de la motricité oculaire et de la posture dans diverses situations.

L’unité d’imagerie de l’hôpital Louis Pradel comporte un plateau médicotechnique spécialisé pour la prise en charge des activités d’imagerie liées à la cardiologie adulte et pédiatrique, à la pneumologie et à l’oncologie thoracique et à l'endocrinologie.

Situé au 1^er étage des bâtiments I et H, le Centre de l’Insuffisance Respiratoire (CIR), assure la prise en charge des patients souffrants d’insuffisance respiratoire chronique, de toute nature, aussi bien obstructive que restrictive ou mixte.

Les malades bénéficient des compétences de praticiens reconnus nationalement et internationalement et référents dans leur domaine ainsi que de la synergie avec les services d’exploration fonctionnelle respiratoire, d’imagerie, de chirurgie et d’anatomopathologie localisés sur le même site hospitalier.

Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire.

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prend en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

L’Escale est le service de médecine physique et réadaptation pédiatrique des HCL.

Le service accueille des patients atteints d’un handicap neurologique à l’issue d’une affection aigüe pour bénéficier de programmes de rééducation intensifs ou à distance pour la réalisation d’un bilan d’évaluation ou la reprise d’une rééducation pour maintenir le niveau d’autonomie. Ces programmes sont assurés par une équipe pluri-professionnelle et bénéf

Le service de médecine physique et de réadaptation neurologique accueille, sur le site de l’hôpital Henry Gabrielle, des patients ayant un handicap neurologique.

Le service d’imagerie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service polyvalent très actif (plus de 82 000 actes par an dont 27 000 médicalisés), centré sur l’imagerie diagnostique et interventionnelle.

Le service d'imagerie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge les patients hospitalisés et les patients de la médecine de ville.

Le service de pneumo-allergologie pédiatrique prend en charge des enfants souffrant de maladies respiratoires et allergiques courantes (asthme, allergies respiratoires et alimentaires, médicamenteuses)

Le service de médecine physique et réadaptation des Kermès prend en charge des patients atteints d'affections neurologiques ou du système locomoteur. Pour leur rééducation initiale mais aussi pour leur suivi au long cours en cas d'affections chroniques.

Le service d’imagerie de l’hôpital Lyon Sud est un service polyvalent très actif, centré sur l’oncologie, le dépistage, le diagnostic et l’imagerie interventionnelle.

Le service d’Imagerie de l’hôpital Pierre Wertheimer comprend un plateau médicotechnique spécialisé pour la prise en charge des activités d’imagerie liée à la neurologie adulte (neuroradiologie diagnostique et interventionnelle).
Il se compose d'une unité d'imagerie Neuro-Diagnostique et d'une unité  d'imagerie Neuro-Interventionnelle.

Le service d‘imagerie de l'hôpital Femme Mère Enfant est un service spécialisé dans l'imagerie pédiatrique et fœtale ainsi que dans l'imagerie de la femme.

Le plateau technique d’imagerie de l’hôpital Renée Sabran assure radiographies, échographies et échographies dopplers.

Le service des maladies respiratoires accueille des patients atteints de mucoviscidose et des patients insuffisants respiratoires chroniques, dans le cadre d'une prise en charge pluridisciplinaire.