La maternité de type 2B (service de soins intensifs néonatals) de l'hôpital Lyon Sud assure le suivi et l'accouchement des grossesses simples ou présentant une anomalie.

Le centre de référence des maladies trophoblastiques a été créé en 1999 pour optimiser la prise en charge des patientes atteintes de môle hydatiforme ou de tumeur trophoblastique.

Deuxième centre adulte (hors transplantation), il développe notamment des projets autour des comorbidités tardives de l’adulte. Il est labellisé centre du réseau Européen de référence (ERN Lung- Mucoviscidose).

Le service d’oncologie médicale coordonne la prise en charge des traitements médicamenteux des patients adultes atteints de cancers. Sur le site de l'hôpital Lyon Sud, le service organise la prise en charge des chimiothérapies, des thérapies ciblées et des traitements par immunothérapie de tous les types de cancers.

L’hôpital Pierre Garraud offre un hébergement médicalisé de 125 lits de médecine du vieillissement - soins de longue durée, dont 10 lits d’Unité d’Hébergement Renforcée (UHR) à destination des personnes atteintes de maladie d’Alzheimer ou apparentées.

Le Centre Intégré de l'Obésité (CIO) des Hospices Civils de Lyon est l'un des 5 centres français de référence pour l'obésité. Il regroupe des structures médicales et chirurgicales des HCL avec pour mission d'améliorer la prise en charge et la connaissance autour de l'obésité de l'adulte et de l'enfant.

Le service de nutrition clinique intensive de l'hôpital Lyon Sud prend principalement en charge des patients dont l’intestin n’est plus fonctionnel (insuffisance digestive grave temporaire ou définitive) imposant souvent le recours à la nutrition artificielle de longue durée ou à vie. 

Le service d’urologie prend en charge les pathologies nécessitant un traitement chirurgical des reins, des uretères, de la vessie, de la prostate, de la verge ou des testicules. Les urologues de Lyon Sud assurent également le bilan diagnostic et le traitement chirurgical des prolapsus génitaux de la femme.

Le service d’accueil des urgences de l'hôpital Lyon Sud (31 000 passages par an) est un service d’accueil d’urgences polyvalentes de l’adulte. Il assure une prise en charge des urgences médicales, chirurgicales (traumatologique, orthopédique, viscérale, urologique) 24/24h et 7/7 jours. Les urgences psychiatriques sont assurées en journée.