L'Institut des agents infectieux (Centre de Biologie Nord, Laboratoire de biologie médicale et de pathologie) héberge 4 centres nationaux de référence, experts dans la microbiologie des maladies infectieuses.
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Le service d’ORL et de chirurgie du cou et de la face de l'hôpital de Lyon Croix-Rousse prend en charge toutes les pathologies médicales de la gorge, du nez et des oreilles.
Le service d’ophtalmologie de l’hôpital de la Croix-Rousse est un service hospitalo-universitaire prenant en charge les patients adultes souffrant de maladies oculaires. Il est le seul, au sein des HCL, à proposer une prise en charge des patients présentant une pathologie cancérologique oculaire, à la fois sur le plan diagnostique (centre de référence national) et thérapeutique.
Le service de médecine interne de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies systémiques (maladies auto-immunes ou inflammatoires touchant plusieurs organes) et les patients souffrant de symptômes inexpliqués.
Le service de chirurgie plastique esthétique et reconstructrice de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge différents types de pathologie :
L'offre de soins en uro-gynécologie (traitement de l’incontinence urinaire et du prolapsus) est réalisée en collaboration entre urologues et gynécologues, grâce à un plateau technique multidisciplinaire adapté à la réalisation de bilans urodynamiques.
Le service de pneumologie de l’hôpital de la Croix-Rousse prend en charge toutes les maladies de l'appareil respiratoire. Il est particulièrement impliqué dans la prise en charge thérapeutique de l'insuffisance respiratoire sévère, des pathologies respiratoires du sommeil et maîtrise l'ensemble des techniques, notamment celles de support ventilatoire.
Le centre d’addictologie de l'hôpital de la Croix-Rousse regroupe cinq offres de soins en addictologie axées sur une prise en charge pluridisciplinaire : médicale, infirmière, psychologique et sociale.