La consultation de dermatologie de l'hôpital de la Croix-Rousse prend en charge les maladies cutanées incluant les pathologies infectieuses (infections et maladies tropicales de la peau), les cancers de la peau (prise en charge chirurgicale), les maladies inflammatoires sévères (psoriasis, dermatite atopique, lichen plan, etc.) ainsi que les pathologies des muqueuses génitales.

Le service de gynécologie-obstétrique de l’hôpital de la Croix-Rousse assure la prise en charge de la grossesse, dans une maternité hautement sécurisée (de niveau III) ainsi que la prise en charge de toutes les pathologies gynécologiques et mammaires, cancéreuses ou non. 

Le service de néphrologie de l'hôpital Edouard Herriot prend en charge l'ensemble des maladies rénales, du dépistage à leur prise en charge spécifique.

Le service de dermatologie de l’hôpital Edouard Herriot traite les pathologies inflammatoires et auto-immunes de la peau et de ses annexes (poils, cheveux, ongles, glandes sébacées et sudorales). Il prend en charge chirurgicalement, en ambulatoire, les cancers cutanés et les atteintes des ongles. Il propose un accès à la dermatologie esthétique

L’unité de chirurgie d’urgence de l'hôpital Lyon Sud prend en charge des patients en situation grave ou critique.

Le service universitaire de chirurgie orthopédique de la main et du membre supérieur de l'hôpital Edouard Herriot est le service référent des Hospices Civils de Lyon dans la prise en charge de toutes les pathologies de la main (SOS main), du poignet, du coude et de l'épaule d’origines traumatiques ou non, aigües ou chroniques.

Le centre d’addictologie de l'hôpital de la Croix-Rousse regroupe cinq offres de soins en addictologie axées sur une prise en charge pluridisciplinaire : médicale, infirmière, psychologique et sociale.

Le Centre Régional du Psychotraumatisme Auvergne-Rhône-Alpes (CRP) est un dispositif visant à faciliter la prise en charge des personnes souffrant d’un trouble de stress post-traumatique.

Le service d’hépato-gastro-entérologie et assistance nutritionnelle de l'hôpital Lyon Sud prend en charge l’ensemble des maladies du tube digestif, du foie, des voies biliaires, du pancréas, de l'anus et tous les cancers digestifs ; les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), avec une expertise reconnue en France ; les maladies dysimmunitaires du tube digestif, et plus globalem

Le service de médecine du sommeil et des maladies respiratoires peut accueillir jusqu’à 20 patients quotidiennement, pour la prise en charge des troubles du sommeil et de l'insuffisance respiratoire chronique, en particulier dans le cadre de maladies neuromusculaires.

Le service d’anesthésie-réanimation de l’hôpital Femme Mère Enfant intervient lors des 14 000 interventions chirurgicales (9 000 pédiatriques et 5 000 en gynécologie et médecine de la reproduction) et 4 500 accouchements réalisés chaque année par les chirurgiens et les obstétriciens de l’établissement.

Le service universitaire d’addictologie de Lyon regroupe les unités d’addictologie des HCL et du Centre Hospitalier Le Vinatier.

Les chirurgiens du service de chirurgie endocrinienne sont experts dans la prise en charge des chirurgies des glandes thyroïdes, parathyroïdes, surrénales et du pancréas exocrine et endocrine.

Dédié à la prise en charge et à l’accompagnement pédopsychiatrique des situations complexes (niveau 3), ce service est composé de 4 unités fonctionnelles, orientées sur l’évaluation et la prise en charge globale et pluridisciplinaire des troubles du comportement et de la régulation émotionnelle de l’enfant et de l’adolescent (enfant de moins de 16 ans).

Le service d’hémostase clinique est spécialisé dans le diagnostic et le suivi des pathologies hémorragiques et thrombotiques constitutionnelles et acquises.

Le service d’urologie prend en charge les pathologies nécessitant un traitement chirurgical des reins, des uretères, de la vessie, de la prostate, de la verge ou des testicules. Les urologues de Lyon Sud assurent également le bilan diagnostic et le traitement chirurgical des prolapsus génitaux de la femme.

Le service d’accueil des urgences de l’hôpital Lyon Sud accueille les patients de plus de 18 ans se présentant spontanément, adressés par un médecin libéral ou par le centre 15. Il assure une prise en charge des pathologies aigues médicales, chirurgicales ou traumatologiques 24/24h et 7/7 jours. Il peut accueillir environ 40 000 patients/an.  

L’activité d’urgence psychiatrique est organisée afin de répondre au mieux aux situations d’urgences (état d’agitation, troubles psychotiques, décompensation d’une pathologie psychiatrique, crises suicidaires …), pour permettre une prise en charge initiale, une orientation adéquate et/ou un traitement de courte durée des situations de crises au sein de l’unité d’hospitalisation.

Le service des urgences de l’hôpital de la Croix-Rousse est composé d’un Service d’Accueil des Urgences (SAU) assurant la prise en charge de toute pathologie aiguë médicale et traumatologique simple, 24/24h et 7/7 jours, et d’un service d’hospitalisation (Unité d’Hospitalisation de Courte Durée - UHCD). Il contribue également au fonctionnement du service de Médecine Post-Urgences (MPU).

Le service d'urgences et de réanimation pédiatriques de l’hôpital Femme Mère Enfant accueille les enfants de 0 à 18 ans qui nécessitent des soins urgents ou qui se trouvent en situation de détresse vitale/d’affection aiguë grave.

Le service de transplantation, néphrologie et immunologie clinique de l’hôpital Edouard Herriot est un service dévolu à tous les aspects médicaux de la transplantation rénale et pancréatique. Il prend aussi en charge les patients greffés de tissus composites aux HCL.

Le service de médecine palliative accueille les patients atteints de cancer mais également de polypathologie, d’insuffisance d’organes… afin d’améliorer leur qualité de vie et celle de leur entourage, grâce à une équipe multidisciplinaire organisée sur 2 sites : à l'hôpital Lyon Sud et à l'hôpital de la Croix-Rousse. 

Le service de médecine intensive - réanimation (MIR) de l'hôpital Edouard Herriot accueille, en fonction de leur gravité, tout type de patients en détresse vitale ou nécessitant des soins rapprochés.

Le service de pneumo-allergologie pédiatrique prend en charge des enfants souffrant de maladies respiratoires et allergiques courantes (asthme, allergies respiratoires et alimentaires, médicamenteuses)

Le service de pneumologie de l'hôpital Lyon Sud prends en charge les pathologies respiratoires avec une expertise dans la cancérologie thoracique, l’insuffisance respiratoire chronique, stable et décompensée.

Le service d'ORL pédiatrique de l'hôpital femme-mère-enfant prend en charge toutes les pathologies oto-rhino-laryngologiques de la face et du cou, ainsi que les surdités de tous types de l'enfant.

Le service d'ORL, de chirurgie plastique de la face et d’audiophonologie de l'hôpital Edouard Herriot comporte plusieurs axes de sur-spécialisation en termes de traitement, de recherche et d'enseignement : la chirurgie de l'oreille sourde ou malformée, la chirurgie fonctionnelle et esthétique de la face et plus spécialement du nez, la chirurgie de la face paralysée, la chirurgie endoscopique mi

Le service d’ophtalmologie de l’hôpital Edouard Herriot est le service des urgences ophtalmologiques de Lyon et de sa région.

Le service de neurologie pédiatrique est spécialisé dans le diagnostic et le traitement des maladies du système nerveux de l’enfant, du nouveau-né à l'adolescent.